PRJNA1440470:早期MMTV-Wnt1乳腺肿瘤中IGF1R抑制的转录组分析

数据围绕基因表达层面展开,可用于研究 IGF1R 抑制对早期乳腺肿瘤转录组的影响,支持差异表达与表达谱相关分析。源站未提供样本量、物种、测序平台及具体处理条件等信息(来源 NCBI)

sra
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基因组回归Transcriptome or Gene expression
PRJNA1440470: Inhibition of IGF1R in Early MMTV-Wnt1 Mammary Tumors: A Transcriptomic Analysis

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1440470:早期MMTV-Wnt1乳腺肿瘤中IGF1R抑制的转录组分析

PRJNA1440470 是一个围绕 IGF1R 抑制与早期乳腺肿瘤关系的转录组学研究项目,英文全称为 Inhibition of IGF1R in Early MMTV-Wnt1 Mammary Tumors: A Transcriptomic Analysis。该项目收录于 NCBI 的 BioProject 数据库,属于肿瘤与乳腺癌研究方向,主题标签为 Transcriptome or Gene expression。从整体上看,该数据集聚焦于基因表达层面,旨在为研究 IGF1R 抑制对早期乳腺肿瘤转录组所产生的影响提供数据支撑,可用于差异表达分析和表达谱相关分析。需要注意的是,源站目前未提供样本量、物种、测序平台及具体处理条件等细节信息,因此对该数据集的完整实验设计与数据规模尚无法从现有公开描述中获知。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 是围绕某一项单一研究计划而建立的生物数据集合,通常由单一机构或联合体发起,其记录为用户提供一个统一入口,以便查找该项目所产生的多种类型数据。本项目即属于此类记录,编号为 1440470,研究主题涉及在早期 MMTV-Wnt1 乳腺肿瘤中对 IGF1R 进行抑制,并从转录组层面展开分析。本站将其归类为肿瘤 / 乳腺癌方向,主题标签为 Transcriptome or Gene expression,说明其核心数据类型与基因表达相关。

【数据内容】

该数据集的内容围绕基因表达展开,主题标签明确为 Transcriptome or Gene expression。依据源站描述,其数据可用于研究 IGF1R 抑制对早期乳腺肿瘤转录组的影响,并支持差异表达与表达谱相关分析。关于具体的样本数量、物种信息、测序平台、处理条件以及数据文件的具体组织形式,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,收录于 NCBI 的 BioProject 数据库,项目编号为 1440470。源站描述指出,BioProject 记录的作用是提供单一入口,便于用户查找同一项目下产生的多种数据类型。关于样本采集的具体方法、实验处理流程、测序或检测平台、时间地点等采集细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与源站描述,该数据集适用于转录组或基因表达层面的研究,尤其是围绕 IGF1R 抑制对早期乳腺肿瘤转录组影响的差异表达分析与表达谱分析。由于本站分类为肿瘤 / 乳腺癌,其潜在应用方向与乳腺癌相关研究领域一致。关于更具体的适用场景、分析类型或研究问题,源站未提供。

【使用方法】

源站描述仅说明 BioProject 记录为用户提供查找该项目多种数据的统一入口,用户可通过该记录获取指向相关数据类型的链接。关于数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具或使用步骤等具体信息,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,来源为 NCBI BioProject。源站未提供样本量、物种、测序平台及具体处理条件等信息,因此无法从现有描述中评估其数据规模、技术平台或实验设计的完整程度。关于数据质量指标、质控结果、批次信息及潜在偏差等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,项目编号为 1440470,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式、许可条款或使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1440470

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基底样乳腺癌具有侵袭性且临床治疗困难。该亚型肿瘤中胰岛素样生长因子1受体(IGF1R)的表达降低。本研究旨在确定当IGF1R信号传导减少时,基底样肿瘤中发生的表型变化。转录组分析在基底样乳腺癌小鼠模型中鉴定出先前未知的细胞亚群以及由IGF1R抑制引起的基因表达改变。这些结果可作为生物标志物,为基底样乳腺癌患者提供新的治疗途径。总体设计:新鲜解剖乳腺肿瘤并解离成单细胞悬液。解离后,细胞经洗涤并通过40微米滤器过滤。未进行细胞选择。所得细胞用于生成scRNA-seq文库。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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