经产状态相关 Hedgehog/VDR 通路的组织学正常人乳腺组织 NanoString 分析（BC360）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1436549

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对组织学正常的人类乳腺FFPE标本采用NanoString nCounter进行分析，以研究正常乳腺组织中经产状态调控的基底/祖细胞、Hedgehog及维生素D受体相关生物学。本工作簿包含该研究的乳腺癌360（BC360）分支，并与另一NanoString panel的配套工作簿配对。74例分析标本各为本平台特异性工作簿贡献一个GEO样本，并为配套panel工作簿贡献一个GEO样本。总体设计：74例组织学正常乳腺FFPE标本在两个NanoString panel上进行分析。本BC360工作簿包含所选原始RCC文件及74对配对标本的完整panel特异性原始计数矩阵。原始RCC文件通过精确标本ID与标本匹配；当某标本和panel存在多个候选RCC文件时，选择RCC日期最新者。根据提交者指示应用了一项特殊映射：处理工作簿样本ORG-0098与原始IO360标本ORG-0098 R相匹配。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。