PRJNA1430740:肝脏Brca1通过调控Bhmt产生的矛盾致癌效应
该数据集来自NCBI,属于肿瘤/乳腺癌分类,主题为转录组或基因表达。研究使用10x Genomics单核RNA测序(snRNA-seq),比较经致癌物暴露后肝脏特异性Brca1缺失小鼠与对照小鼠的差异,聚焦非肿瘤肝组织,以探究肝脏Brca1缺失对致癌物诱导肝肿瘤产生保护作用的机制

基本信息
资源简介
PRJNA1430740:肝脏Brca1通过调控Bhmt产生的矛盾致癌效应
该数据集来自NCBI,属于肿瘤/乳腺癌分类,主题为转录组或基因表达。研究使用10x Genomics单核RNA测序(snRNA-seq),比较经致癌物暴露后肝脏特异性Brca1缺失小鼠与对照小鼠的差异,聚焦非肿瘤肝组织,以探究肝脏Brca1缺失对致癌物诱导肝肿瘤产生保护作用的机制。数据可用于分析肝细胞癌发生过程中基因表达变化及Brca1相关调控通路(来源 ncbi.nlm.nih.gov)。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):使用10x Genomics单核RNA测序(snRNA-seq)表征经致癌物暴露后肝脏特异性Brca1缺失小鼠与对照小鼠之间的差异。肝细胞癌(HCC)是全球最常见且致命的癌症之一,HCC相关病例和死亡人数预计将增加。近期,抑癌基因乳腺癌易感基因1(BRCA1)被认为与肝脏肿瘤发生有关,但其机制作用仍不清楚。我们发现,小鼠肝脏Brca1缺失反而矛盾地保护其免受致癌物诱导的肝脏肿瘤发生。利用snRNAseq,我们试图表征非肿瘤肝组织的差异,以确定驱动肝脏肿瘤保护作用的潜在机制。总体设计:小鼠在14日龄时接受肝脏致癌物二乙基亚硝胺(DEN;25mg/kg),并在12月龄时处死。非肿
【主题与分类】
主题标签:Transcriptome or Gene expression。本站分类:肿瘤/乳腺癌。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1430740
下载信息
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
使用10x Genomics单核RNA测序(snRNA-seq)表征在致癌物暴露后,肝脏中具有和具有Brca1特异性差异的小鼠之间的差异。肝细胞癌(HCC)是全球最常见和致命的癌症之一,与HCC相关的病例和死亡人数预计将增加。最近,抑癌基因乳腺癌易感基因1(BRCA1)被认为与肝脏肿瘤发展有关,但其机制作用仍不清楚。我们发现,小鼠肝脏中Brca1缺陷反而保护其免受致癌物诱导的肝脏肿瘤发展。利用snRNAseq,我们试图表征非肿瘤肝组织的差异,以确定驱动肝脏肿瘤保护作用的潜在机制。总体设计:小鼠在14日龄时接受肝脏致癌物二乙基亚硝胺(DEN;25mg/kg),并在12月龄时处死。采集非肿瘤肝组织并用于snRNA-seq。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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