PRJNA1427161：乳腺癌进展中基因组重组及其功能影响 [RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1427161

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了在精细尺度和全基因组范围内探索癌症进展过程中染色质结构和基因组架构的表观遗传参数如何变化，我们在非恶性、癌前和转移性MCF10乳腺癌上皮细胞中生成了高分辨率Micro-C接触图谱。我们分析了与进展相关的染色质区室、拓扑关联结构域（TADs）和染色质环的重组，并识别了不变的染色质特征。我们发现大规模的区室转变主要发生在癌症发展的早期阶段，而更精细尺度的TADs和环结构变化则在向转移的后期转变中积累。我们将这些结构特征与基因表达、组蛋白修饰和潜在增强子的变化相关联，发现很大一部分差异表达基因与远端调控元件有物理连接。虽然染色质环的变化在进展过程中相对罕见，但差异环富集了与进展相关的基因，包括那些参与增殖、血管生成和分化的基因。

增强子-启动子接触或远端增强子活性的变化伴随着基因的差异调控，这表明染色质接触的变化并非必要，但足以引起基因调控。综上所述，我们的研究结果证明了在癌症进展过程中，许多关键基因的基因调控与基因组重塑之间存在功能上的相关性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。