PRJNA1424993：SEMA7A与SOX9在乳腺细胞产后重编程及乳腺癌中的意义

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1424993

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数据说明

产后乳腺退化是一个协调的细胞死亡与重塑过程，在哺乳和断奶后使组织恢复到接近孕前状态。在产后乳腺癌模型中，产后乳腺癌定义为45岁以下女性在近期分娩后10年内诊断出的乳腺癌，乳腺退化会诱导乳腺肿瘤细胞产生持久表型，促进疾病进展，并与患者治疗耐药、转移和死亡风险增加相关。SRY-Box转录因子9（SOX9）是已知的乳腺干细胞和祖细胞调控因子，也促进乳腺癌的治疗耐药和转移。然而，SOX9在乳腺退化过程中的作用尚不明确。我们利用小鼠乳腺退化期间的单细胞RNA测序，描绘了哺乳期和退化期表达Sox9的细胞群体。我们发现，Sox9 mRNA主要表达于腔面祖细胞，这些细胞在哺乳期基本缺失，而在退化早期存在。

我们还揭示，Sox9参与细胞状态从泌乳态向非泌乳态的转变，并在退化期存活细胞中表达。先前的研究表明，Semaphorin-7a（SEMA7A）在退化期也促进管腔祖细胞中的癌症干细胞和促生存表型，我们观察到在退化期有一群管腔祖细胞共表达Sox9和Sema7a。在机制上，我们证明在培养的乳腺上皮细胞中敲低Sox9会导致SEMA7A表达增加、间充质表型以及泌乳分化能力的丧失，从而确定了一个潜在的调控轴，其中SOX9在正常乳腺上皮中平衡SEMA7A的表达，而破坏这种平衡会导致一种类似于间充质细胞的去分化状态。我们在独特的一组乳腺组织样本中验证了SOX9和SEMA7A蛋白之间的空间关系。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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