NeoTRIP 试验乳腺癌患者治疗前与治疗中肿瘤样本 RNA-Seq 图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1424908

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

三阴性乳腺癌（TNBC）具有免疫原性，但仅有一部分患者能从新辅助免疫检查点抑制剂（ICIs）联合化疗中获益。目前缺乏用于指导患者筛选和治疗调整的预测性生物标志物。在NeoTRIPaPDL1（NeoTRIP）III期试验中，280例高危TNBC患者被随机分配接受新辅助卡铂联合白蛋白结合型紫杉醇（CT，n=142）或相同方案联合阿替利珠单抗（CT/A，n=138）。在基线及第二周期第一天（D1C2）采集肿瘤活检样本。进行了纵向转录组测序及选定基因特征分析，包括标志性特征、铁死亡相关特征和免疫细胞类型特异性特征。研究了治疗诱导的基因表达变化及其与病理完全缓解的关联。总体设计：对治疗前及第二治疗周期第一天（D1C2）采集的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤核心活检样本进行RNA-Seq分析。

每48个文库混合为一个池，在NextSeq 500系统（Illumina）上进行测序，使用高通量试剂盒进行75碱基对的双端测序，平均每个样本每次运行获得1000万条双端读长。为了每个样本获得超过4000万条双端读长，混合池在重复运行中进行了测序。*************************************************************** 由于患者隐私考虑，原始数据未提交 ***************************************************************

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。