无机磷酸盐与顺铂暴露下MDA-MB-231细胞中RB1–E2F相关转录及DNA修复变化

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1423251),聚焦无机磷酸盐在顺铂暴露条件下与 MDA-MB-231 乳腺癌细胞中 RB1–E2F 相关转录及 DNA 修复关联变化的研究

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1423251: Inorganic Phosphate Is Associated with RB1–E2F-Related Transcriptional and DNA Repair-Associated Changes Under Cisplatin Exposure in MDA-MB-231 Cells

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

无机磷酸盐与顺铂暴露下MDA-MB-231细胞中RB1–E2F相关转录及DNA修复变化

该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项生物学研究项目,编号 1423251,英文名称为“Inorganic Phosphate Is Associated with RB1–E2F-Related Transcriptional and DNA Repair-Associated Changes Under Cisplatin Exposure in MDA-MB-231 Cells”。从名称可以看出,该研究聚焦于无机磷酸盐在顺铂暴露条件下,与 MDA-MB-231 乳腺癌细胞中 RB1–E2F 相关转录变化及 DNA 修复关联变化之间的关系。数据集在分类上归属于肿瘤 / 乳腺癌方向,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容与转录组或基因表达相关。该记录来自 ncbi.nlm.nih.gov,属于 BioProject 数据库中的一项研究计划,为用户提供访问该项目所产生各类数据的入口。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject,项目编号为 1423251。BioProject 是围绕某一项研究计划或倡议所组织的生物数据集合,通常由单一机构或联合体发起,其记录的作用在于为用户提供一个统一入口,以便查找该项目所产生的多种类型数据。该项目的标题明确指向无机磷酸盐、顺铂暴露、MDA-MB-231 细胞、RB1–E2F 相关转录以及 DNA 修复关联变化等关键词,说明其研究背景涉及乳腺癌细胞在特定化学暴露条件下的基因表达与 DNA 修复相关机制。本站将其归类为肿瘤 / 乳腺癌,主题标签为转录组或基因表达。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。项目标题中提及 RB1–E2F 相关转录变化以及 DNA 修复关联变化,说明数据可能涉及与这些过程相关的基因表达信息。关于具体的样本数量、测序平台、数据文件格式、基因列表、表达量数值等详细内容,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 数据库中的记录,项目编号为 1423251。BioProject 记录本身是围绕单一研究计划或倡议所收集的生物数据集合,可来自单一机构或联合体。关于该项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间、实验条件细节等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与乳腺癌、特别是 MDA-MB-231 细胞相关的研究场景,尤其是涉及无机磷酸盐、顺铂暴露、RB1–E2F 转录调控以及 DNA 修复关联变化的转录组或基因表达分析。也可用于探索肿瘤细胞在化学暴露条件下基因表达变化的研究方向。关于更具体的适用场景、分析目标或应用领域,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问,项目编号为 1423251。用户可通过 BioProject 记录查找该项目所链接的各类数据。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具或使用步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject,属于公共数据库记录。关于数据质量评估、样本完整性、测序深度、数据验证情况、潜在偏差或使用限制等具体信息,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息,源站未提供。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1423251

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集包含接受不同处理的MDA-MB-231三阴性乳腺癌细胞的转录组图谱。细胞分别用对照培养基(NC)、无机磷酸盐(Pi,5 mM)、顺铂(1 μM)或Pi与顺铂联合处理48 h。每个实验组包含四个生物学重复。进行RNA测序以研究全局基因表达变化,并鉴定TNBC细胞中与Pi处理和顺铂敏感性相关的转录反应。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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