PRJNA1422220：HER2d16 通过整合素驱动信号促进乳腺癌转移

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1422220

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

HER2d16剪接变异体由ERBB2转录本跳过第16外显子产生，常在侵袭性HER2阳性乳腺肿瘤中检出，并与增强的致瘤性相关。然而，HER2d16促进转移的机制仍知之甚少。在此，我们证明乳腺上皮细胞中HER2d16的表达在体外和体内均驱动促迁移和促侵袭表型。通过整合性细胞表面蛋白质组学和转录组学分析，我们鉴定出HER2d16表达细胞中RGD结合整合素（包括整合素β3）的显著上调。功能分析表明，整合素β3信号是HER2d16驱动侵袭所必需的，并且药理学抑制整合素结合下游的FAK可显著减少体内转移播散。总之，这些发现揭示了HER2d16表达与驱动转移进展的整合素-FAK信号程序之间的关键联系，突出表明整合素-FAK信号是HER2驱动乳腺癌中具有治疗可操作性的脆弱靶点。

总体设计：对稳定表达HER2野生型、HER2Δ16或空载体的MCF10A细胞进行RNA-seq分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。