ER+乳腺癌细胞休眠退出与CREB1再激活及内分泌治疗耐药研究

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1416882

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

雌激素受体阳性（ER⁺）乳腺癌在接受芳香化酶抑制剂（AIs）等抗雌激素治疗后的最初几年内频繁复发，通常是由于肿瘤从休眠状态中复苏所致。休眠与复发的分子机制，尤其是在内分泌治疗之后，仍知之甚少。在本研究中，我们确定转录因子CREB1是ER⁺乳腺癌肿瘤休眠与复发的关键调控因子。通过分析接受AIs治疗患者的纵向肿瘤样本，我们鉴定出1,000多个在治疗诱导的休眠期间表达下调的“休眠下调基因”（DDGs）以及1,000多个表达上调的“休眠上调基因”（DUGs）；值得注意的是，肿瘤复发时DDGs重新表达而DUGs表达下调。转录谱分析和通路富集分析表明，CREB1连同ER和E2F1是这些基因的核心调控因子。这些发现在雌激素剥夺的ER⁺细胞系和患者来源异种移植（PDX）模型中得到验证，其中休眠与CREB1活性降低相关，而肿瘤复发则与CREB1重新激活相吻合。

通过小分子或siRNA敲低抑制CREB1，可下调DDGs并上调DUGs，从而有效逆转CREB1、ER和E2F1转录程序，并降低内分泌治疗及CDK4/6抑制剂耐药的ER⁺乳腺癌细胞的增殖和存活。这些发现确立了CREB1作为复发性ER⁺乳腺癌转录重编程的主调控因子，并突显其作为克服当前内分泌治疗和CDK4/6抑制剂耐药的有前景的治疗靶点。总体设计：对在含E2培养基中生长的MCF7细胞以及经短期雌激素剥夺（ED）、长期ED（LTED）、LTED加abemaciclib和LTED加Creb抑制剂666-15处理的MCF7衍生细胞进行RNA-seq分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。