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创建/更新时间

2026-10-21

资源简介

YTHDC1敲低诱导三阴性乳腺癌细胞基因表达变化数据集

该数据集聚焦于三阴性乳腺癌细胞中YTHDC1基因敲低后引发的基因表达变化，来源于NCBI数据库，属于肿瘤/乳腺癌分类。研究以三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-231和Hs578T为对象，通过siRNA技术敲低YTHDC1，并利用下一代测序技术进行转录组测序，以揭示该基因在转录水平上的调控作用。实验设计将细胞随机分为siYTHDC1处理组和siNC对照组，每组设置三个重复样本，在确认敲低成功后提取总RNA并完成测序。该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，为研究YTHDC1在三阴性乳腺癌中的功能提供了转录组层面的数据资源。

【数据集背景】

三阴性乳腺癌是一种缺乏雌激素受体、孕激素受体和HER2表达的乳腺癌亚型，具有侵袭性强、治疗选择有限的特点。YTHDC1是一种RNA结合蛋白，参与RNA代谢过程。为探究YTHDC1在三阴性乳腺癌中的潜在作用，研究者选择MDA-MB-231和Hs578T两种三阴性乳腺癌细胞系作为实验模型，通过敲低YTHDC1并观察基因表达变化，以期从转录组角度理解其功能。该数据集即围绕这一研究目标产生。

【数据内容】

该数据集包含由下一代测序技术获得的转录组数据，具体为基因表达谱信息。实验涉及两种细胞系MDA-MB-231和Hs578T，每种细胞系均设置siYTHDC1处理组和siNC对照组，每组三个重复样本，共计12个样本。数据反映了在YTHDC1成功敲低后，细胞中基因表达的变化情况。主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明数据核心为转录组或基因表达相关测量。

【采集与来源】

数据来源于NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），数据集英文名称为“PRJNA1413175: Gene Expression Changes Induced by YTHDC1 knockdown in triple-negative breast cancer cells”。实验流程包括：将MDA-MB-231和Hs578T细胞随机分组，分别接受siYTHDC1或siNC处理；在确认YTHDC1敲低成功后，使用Trizol法提取总RNA；经RNA质量控制后，进行转录组测序。测序采用下一代测序技术完成。

【适用场景】

该数据集适用于研究YTHDC1在三阴性乳腺癌细胞中的转录调控作用，可用于分析敲低YTHDC1后基因表达谱的变化，识别差异表达基因，探索相关信号通路或生物学过程。也可作为三阴性乳腺癌转录组研究的参考数据，用于比较不同细胞系对YTHDC1敲低的响应。此外，该数据可用于方法学参考，如siRNA敲低结合转录组测序的实验设计。

【使用方法】

使用者可基于该数据集进行差异表达分析，比较siYTHDC1组与siNC对照组在MDA-MB-231和Hs578T细胞中的基因表达差异。由于每组设有三个重复样本，可进行统计学分析以评估表达变化的可靠性。分析时可结合基因注释信息，对差异基因进行功能富集或通路分析。具体的数据下载和处理方式需参考NCBI源站提供的说明。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估的详细信息，如测序深度、比对率、重复性统计等。实验仅涉及两种细胞系，结果可能无法直接推广至其他三阴性乳腺癌模型或临床样本。此外，源站未提供样本处理、测序平台、数据分析流程等具体参数，使用者在解释结果时需考虑这些限制。

【引用与许可】

源站未提供引用格式和许可信息。使用该数据集时，应遵循NCBI的相关政策，并建议直接访问源站获取最新引用和许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE317469

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1413175

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了研究YTHDC1在三阴性乳腺癌中的作用，我们在三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-231和Hs578T中进行了YTHDC1敲低，随后利用下一代测序技术进行了转录组测序。总体设计：我们将MDA-MB-231和Hs578T细胞随机分为两组，每组包含三个重复样本。一组接受siYTHDC1处理，另一组则接受siNC处理作为对照组。成功敲低YTHDC1后，采用Trizol法提取总RNA。经过RNA质量控制后，进行了转录组测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别