PRJNA138039：工程化转录因子抑制乳腺肿瘤生长与转移

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA138039

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数据说明

摘要 Maspin是一种肿瘤和转移抑制因子，作为肿瘤进展的守门人发挥着重要作用。它在上皮细胞中高表达，但在转移性疾病发生时通过表观遗传机制被沉默。重编程Maspin的表观遗传沉默为锁定转移进展提供了治疗潜力。在此，我们研究了人工转录因子126（ATF-126）上调Maspin启动子以抑制免疫缺陷小鼠中已形成乳腺肿瘤进展的能力。ATF-126被转导至侵袭性强、间充质样且三阴性的乳腺癌细胞系MDA-MB-231中。体内通过多西环素诱导ATF表达导致肿瘤生长减少50%，并完全消除了肿瘤细胞定植。ATF诱导细胞的基因组范围转录谱揭示了一个基因特征，该特征在雌激素受体阳性（ER+）“正常样”乳腺癌内在亚型以及侵袭性较低的ER+ luminal A乳腺癌细胞系中过度表达。

ATF-126与Maspin cDNA的转录谱比较界定了一个重叠的19基因特征，包含Maspin信号级联下游的新靶点。我们的数据表明，Maspin上调了在乳腺癌中沉默、通常在神经系统中表达的下游肿瘤和转移抑制基因，包括CARNS1、SLC8A2和DACT3。此外，ATF-126和Maspin cDNA的诱导导致同样在神经细胞中表达的肿瘤抑制性miRNA（如miR-1和miR-34）的重新激活，以及潜在致癌miRNA（如miR-10b、miR-124和miR-363）的下调。正如其在ER+肿瘤中过度表达所预期的那样，ATF-126基因特征预测了乳腺癌患者的良好预后。我们的结果首次描述了一种能够通过表观遗传重新激活来减少肿瘤生长和转移定植的ATF

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。