基本信息

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基因组

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分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1306984：靶向RNA测序对三阴性乳腺癌免疫细胞富集区域的转录组分析

该数据集为 NCBI BioProject 收录的编号 1306984 项目，英文名称为“PRJNA1306984: Transcriptomic Profiling of Immune Cell-Enriched Regions in Triple-Negative Breast Cancer Using Targeted RNA Sequencing”。其主题聚焦于 Homo sapiens（人类）三阴性乳腺癌中免疫细胞富集区域的转录组分析，采用靶向 RNA 测序方法获取基因表达信息。本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在为同一项研究计划所产生的多种数据类型提供统一的检索入口，便于用户定位与访问该项目相关的数据资源。该数据集可用于了解三阴性乳腺癌免疫微环境相关区域的转录组特征，并为后续分析提供数据基础。

【数据集背景】

三阴性乳腺癌是乳腺癌中一种具有特定分子特征的亚型，其免疫微环境的研究对于理解疾病机制和探索潜在治疗策略具有重要意义。该 BioProject 项目围绕三阴性乳腺癌中免疫细胞富集区域展开转录组分析，采用靶向 RNA 测序方法，旨在获取这些特定区域的基因表达信息。项目来源于 NCBI BioProject 数据库，编号为 1306984，物种为 Homo sapiens。BioProject 记录本身是一个集合性条目，用于汇集由单一组织或联盟发起的同一研究计划所产生的各类生物数据，为用户提供查找该项目相关数据类型的统一入口。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其内容属于转录组或基因表达范畴。项目名称明确指出研究对象为三阴性乳腺癌中免疫细胞富集区域，所采用的技术手段为靶向 RNA 测序。通过该技术，可对免疫细胞富集区域的转录本进行检测与定量，从而反映相关基因的表达水平。数据集所属分类为肿瘤 / 乳腺癌，说明其应用领域与肿瘤学研究密切相关。除上述信息外，关于样本数量、测序深度、具体基因列表、表达矩阵等详细数据内容，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）的 BioProject 数据库。源站标题显示为“Homo sapiens (ID 1306984) - BioProject - NCBI”，表明该记录对应人类物种，项目编号为 1306984。根据源站描述，BioProject 是围绕单一研究计划、由单一组织或联盟发起的一组生物数据的集合，其记录为用户提供查找该项目所生成的不同数据类型链接的统一位置。该项目的具体采集地点、采集时间、样本处理流程、测序平台及建库方法等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与三阴性乳腺癌免疫微环境相关的转录组研究场景。由于主题标签为 Transcriptome or Gene expression，其可被用于基因表达分析、转录本差异比较等方向。具体而言，研究人员可借助该数据集探索三阴性乳腺癌中免疫细胞富集区域的基因表达特征，或将其作为相关生物信息学分析的输入数据。此外，该数据集也可用于方法学参考，例如了解靶向 RNA 测序在特定组织区域转录组分析中的应用。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供进一步说明。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库进行访问，项目编号为 1306984。用户可在 NCBI 网站中检索该编号，进入对应的 BioProject 记录页面，进而查找该项目所关联的各类数据资源链接。BioProject 记录的设计目的即在于为用户提供单一入口，以便定位同一研究计划下的不同数据类型。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具建议，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，属于公共生物数据资源。其主题标签和项目名称提供了关于数据内容的基本描述，但关于数据质量评估指标、测序数据质量得分、样本完整性、批次效应控制等信息，源站未提供。此外，该数据集的样本量、覆盖范围、技术重复情况以及潜在偏差等限制因素，源站未提供。用户在使用时应结合自身研究目的，并参考源站记录中的原始信息进行判断。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或数据共享政策，源站未提供。用户如需引用或使用该数据集，应访问 NCBI BioProject 对应记录页面，以获取最新的引用指南和许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE305953

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1306984

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含靶向RNA测序（TempO-Seq）数据，这些数据专门来源于三阴性乳腺癌（TNBC）组织中的免疫富集区域。对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）切片进行了空间转录组分析，仅对以免疫细胞浸润为特征的区域进行显微切割并测序。所得的FASTQ文件和标准化基因表达数据代表了从这些免疫优势微环境中获取的全面基因谱。本研究的目标是表征与TNBC中免疫细胞及临床结局相关的免疫基因特征。这些数据有助于理解空间免疫结构如何影响预后和免疫逃逸，对乳腺癌的免疫治疗分层具有重要意义。所有原始数据和处理后数据均可在本GEO提交中免费获取。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别