乳腺癌伤口液单核免疫细胞RNA-seq（IORT或单纯手术后）
该数据集为 NCBI BioProject 项目 PRJNA1292204，收录从乳腺癌患者伤口液中分离的单核免疫细胞的 RNA-seq 数据，样本来自接受 IORT 或单纯手术后的患者
基本信息
资源简介
乳腺癌伤口液单核免疫细胞RNA-seq（IORT或单纯手术后）
PRJNA1292204 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的转录组学项目，全称为“RNA-seq of mononuclear immune cells isolated from breast cancer wound fluid after IORT or surgery alone”。该项目聚焦于乳腺癌患者伤口液中分离的单核免疫细胞，通过 RNA-seq 技术获取其基因表达信息。样本来源于接受术中放射治疗（IORT）或单纯手术后的患者，旨在从转录组层面刻画这一特定微环境中免疫细胞的分子特征。项目主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。以下从背景、内容、来源、应用、方法、局限及引用等方面对该数据集作进一步介绍。
【数据集背景】
乳腺癌是全球范围内常见的恶性肿瘤之一，其治疗方式包括手术、放疗、化疗及靶向治疗等。术中放射治疗（IORT）是一种在手术过程中对瘤床直接进行单次大剂量照射的技术，与术后常规分割放疗相比，其治疗时序和生物学效应存在差异。伤口液是手术后局部微环境的重要组成部分，其中包含多种免疫细胞和细胞因子，能够反映组织修复与抗肿瘤免疫的交互状态。单核免疫细胞作为固有免疫和适应性免疫的重要桥梁，其在伤口液中的转录组特征可能揭示不同治疗方式对局部免疫微环境的影响。然而，源站未提供该数据集的具体研究假设、研究目的或临床背景的进一步说明。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 RNA-seq 数据，测序对象为从乳腺癌患者伤口液中分离的单核免疫细胞。RNA-seq 是一种高通量转录组测序技术，能够检测样本中基因的表达水平、可变剪接及融合基因等信息。项目主题标签明确指向“Transcriptome or Gene expression”，表明数据主要反映基因表达层面的信息。样本分组涉及接受 IORT 或单纯手术后的患者，但源站未提供样本数量、测序平台、读长、测序深度、数据量或具体文件格式等细节。此外，源站未提供是否包含原始测序数据（FASTQ）或处理后表达矩阵等衍生数据的信息。
【采集与来源】
样本采集自乳腺癌患者的伤口液，随后从中分离单核免疫细胞。伤口液通常通过术后引流或穿刺获取，单核免疫细胞可通过密度梯度离心、磁珠分选或流式分选等方法分离。患者接受的治疗方式包括 IORT 或单纯手术，这一分组设计有助于比较不同治疗对局部免疫细胞转录组的影响。数据来源于 NCBI BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 作为生物数据的集合记录，提供指向该项目所生成各类数据的链接。但源站未提供具体的采集时间点、伤口液处理流程、细胞分离纯度或伦理审批信息。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌局部免疫微环境、IORT 免疫效应、伤口液免疫细胞转录组特征等方向的研究。研究人员可利用该数据探索单核免疫细胞在 IORT 与单纯手术后基因表达差异，识别潜在的关键基因、信号通路或免疫细胞亚群。此外，该数据也可用于与其他乳腺癌转录组数据集进行整合分析，或作为方法学研究中关于微量细胞 RNA-seq 的参考。由于涉及人类样本，数据使用需遵循相关伦理和数据访问规定。源站未提供具体的适用分析工具或推荐流程。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该项目记录，并依据记录中的链接跳转至相关数据资源。通常，BioProject 记录会关联 SRA（Sequence Read Archive）或 GEO（Gene Expression Omnibus）等数据库，用户可下载原始测序数据或处理后的表达数据。分析时需根据实验设计进行质量控制、比对、定量和差异表达分析。若数据涉及人类受试者，可能需要在 dbGaP 或类似受控访问数据库申请权限。源站未提供具体的下载步骤、分析参数或代码示例。
【质量与限制】
该数据集基于 RNA-seq 技术，具有较高的转录组覆盖度和定量准确性，但源站未提供测序质量指标、重复性、批次效应或验证实验等信息。样本来源于伤口液，细胞数量可能有限，分离过程可能引入应激相关基因表达变化。此外，IORT 与单纯手术的分组比较可能受到患者个体差异、肿瘤分期、手术方式等混杂因素影响。源站未提供样本量、统计功效或局限性说明。用户在使用时应结合自身研究目的谨慎解读。
【引用与许可】
使用该数据集时，应引用 NCBI BioProject 项目 PRJNA1292204 及其相关数据记录。源站未提供具体的文献引用、数据许可协议或使用条款。用户需遵守 NCBI 数据库的通用使用政策以及人类遗传资源数据的相关法规。如需用于商业目的或再分发，应自行确认许可条件。源站未提供联系方式或数据提交者信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1292204
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含从接受术中放疗（IORT）或仅接受手术（对照组）的乳腺癌患者伤口液中纯化的单核免疫细胞的RNA-seq图谱。样本于术后第2天采集，并进行总RNA提取和3′端mRNA测序。本研究旨在表征IORT后早期伤口愈合阶段的转录免疫景观。总体设计：于术后第2天从接受保乳手术伴或不伴IORT的患者中采集伤口液样本。通过类Ficoll密度梯度离心（Biocoll）分离单核细胞，在90% FCS + 10% DMSO中冷冻保存，随后进行RNA提取。使用3′端mRNA-seq方案构建RNA-seq文库。在IORT组和对照组之间进行了比较转录组分析（分别为n = 17和20）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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