基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1289134：GLI2 介导三阴性乳腺癌对紫杉醇的响应

PRJNA1289134 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学研究项目，其标题为“GLI2 mediates response to paclitaxel in triple-negative breast cancer”，即围绕 GLI2 介导三阴性乳腺癌对紫杉醇响应这一主题展开。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容与转录组或基因表达相关。项目来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，用户可通过 BioProject 记录获取该项目所关联的多种数据类型入口。整体而言，该数据集聚焦于三阴性乳腺癌治疗响应机制中的基因表达层面研究，适合关注乳腺癌紫杉醇耐药或敏感性分子机制的研究人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 1289134。BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物学数据，这些数据通常来自一个机构或一个联盟。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，以便查找该项目所产生的不同类型的数据。本项目的标题明确指出其研究核心为 GLI2 在三阴性乳腺癌对紫杉醇响应中的介导作用。三阴性乳腺癌是乳腺癌的一种亚型，紫杉醇是常用的化疗药物之一，因此该项目属于肿瘤学与乳腺癌研究领域，并涉及转录组或基因表达层面的主题标签。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容属于转录组或基因表达类型。源站未提供具体的样本数量、基因列表、表达矩阵、测序平台或分析结果等细节。因此，无法进一步描述该数据集所包含的具体数据文件、数据格式或数据规模。用户若需了解详细的数据内容，应访问 NCBI BioProject 中编号为 1289134 的记录页面，查看其关联的数据链接。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体以 BioProject 记录形式呈现。源站描述指出，BioProject 记录汇集了与单一研究计划相关的生物学数据，这些数据可能来自一个组织或一个联盟，并为用户提供查找该项目所生成的不同数据类型链接的统一位置。关于本项目的具体采集方法、样本来源、实验设计、时间范围或地理信息等，源站未提供。

【适用场景】

基于该数据集的主题标签与标题，其适用场景可能包括：研究三阴性乳腺癌对紫杉醇的响应机制、探索 GLI2 基因在转录组或基因表达层面的作用、以及开展与乳腺癌化疗敏感性相关的生物信息学分析。由于该数据集属于转录组或基因表达类型，可能适用于差异表达分析、通路富集分析或基因调控网络研究等。但源站未提供具体的数据类型细节，因此上述适用场景仅为基于主题标签的通用方向，不代表该数据集已明确支持这些具体分析。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法。用户通常可通过 NCBI BioProject 记录页面查找其关联的数据链接，进而获取相应的转录组或基因表达数据。关于数据下载、预处理、分析流程或软件工具等，源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估信息、数据完整性说明、技术偏差或使用限制。由于缺乏具体的数据内容描述，无法判断其样本量、测序深度、数据覆盖度或可重复性等指标。用户在使用时应自行参考 NCBI BioProject 记录中的原始信息，并注意该数据集仅围绕 GLI2 介导三阴性乳腺癌对紫杉醇响应这一主题，可能不适用于其他癌种或药物响应研究。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式或许可信息。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI BioProject 的通用使用条款，并参考源站记录中可能提供的引用要求。由于源站未提供具体许可细节，建议用户直接访问 NCBI 官网查询相关政策和引用规范。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE302168

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1289134

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

骨是乳腺癌患者转移和复发最常见的部位，而目前尚无FDA批准的可靶向骨内癌症的治疗药物。骨转移会上调转录因子胶质瘤相关癌基因2（Gli2），导致甲状旁腺激素相关蛋白（PTHrP）分泌，从而加速骨转换并促进肿瘤增殖。Gli2已被认为是多种癌症化疗耐药的介导因子，但其在治疗抵抗性骨转移中的独特耐药作用尚未明确。因此，本数据集旨在明确GLI2 CRISPR敲除对紫杉醇（PTX）转录反应的影响，紫杉醇是目前乳腺癌远处转移患者的标准治疗药物。总体设计：将MDA-MB-231细胞经胫骨内传代接种于无胸腺裸鼠，死后从骨髓中分离，经心内注射，再次从骨髓中分离，从而构建MDA-MB-231b谱系的骨趋向性细胞。

CRISPR敲除通过慢病毒转导进行，使用Dharmacon Edit-R CRISPR-Cas9产品（Horizon），采用靶向GLI2的sgRNA（sgGLI2）或非靶向sgRNA。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别