基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1283214：BRCA1/2 突变筛查患者血清与血浆 microRNA 表达比较分析，数据集 1

PRJNA1283214 是一个围绕血液样本中 microRNA 表达比较分析而建立的生物项目数据集，其完整英文名称为“Comparative Analysis of microRNA Expression in Serum and Plasma in Patients Screened for BRCA1/2 Mutations, dataset 1”。该数据集归属于肿瘤 / 乳腺癌这一分类方向，来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。从整体定位看，该数据集聚焦于接受 BRCA1/2 突变筛查人群的血清与血浆样本，旨在为不同血液样本类型之间 microRNA 表达差异的研究提供数据支撑，并服务于与 BRCA1/2 突变筛查相关的转录组或基因表达分析。其内容属于生物项目中与单一研究计划相关联的数据集合，便于用户从统一入口查找该项目所产生的多种数据类型。

【数据集背景】

该数据集对应的是一项关于 BRCA1/2 突变筛查患者血清与血浆 microRNA 表达比较分析的研究计划。BioProject 作为生物数据的集合，通常与单一研究倡议相关联，来源于单一组织或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一的位置，以便查找为该项目生成的不同数据类型所对应的链接。因此，PRJNA1283214 作为其中的一个项目记录，其背景与 BRCA1/2 突变筛查以及血液样本中 microRNA 表达比较这一研究方向直接相关。该数据集被归入肿瘤 / 乳腺癌类别，说明其研究语境与乳腺癌相关的遗传筛查和基因表达分析存在关联。主题标签“Transcriptome or Gene expression”进一步表明，该项目涉及转录组或基因表达层面的数据内容。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。数据集名称明确指出其关注的是血清与血浆中 microRNA 表达的比较分析，研究对象为接受 BRCA1/2 突变筛查的患者。因此，数据内容围绕不同血液样本类型间 microRNA 表达差异展开，并可用于支撑与 BRCA1/2 突变筛查相关的转录组或基因表达分析。关于具体的样本数量、测序平台、表达矩阵、差异表达结果或统计指标等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其源站标题为“Comparative Analysis of microRNA Expression in Ser... (ID 1283214) - BioProject - NCBI”。根据 BioProject 的一般定义，该项目记录来源于单一组织或联合体，并围绕单一研究倡议汇集相关生物数据。数据集名称中提及的患者为接受 BRCA1/2 突变筛查的人群，样本类型涉及血清和血浆。关于具体的采集地点、采集时间、机构名称、伦理审批信息或样本处理流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究不同血液样本类型间 microRNA 表达差异，并支撑与 BRCA1/2 突变筛查相关的转录组或基因表达分析。具体而言，其适用方向包括比较血清与血浆中 microRNA 的表达特征，以及在 BRCA1/2 突变筛查背景下开展基因表达层面的探索。由于该数据集被归类为肿瘤 / 乳腺癌，其潜在应用场景还与乳腺癌相关的遗传筛查研究存在关联。关于该数据集是否适用于临床诊断、预后判断或特定生物标志物验证等具体用途，源站未提供。

【使用方法】

该数据集作为 BioProject 记录，为用户提供一个统一的位置，以便查找为该项目生成的不同数据类型所对应的链接。用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，并依据项目所提供的链接进一步获取相关数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、软件参数或处理流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于生物数据集合的一部分。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，研究内容涉及血清与血浆 microRNA 表达比较以及 BRCA1/2 突变筛查。关于数据质量评估指标、样本量大小、数据完整性、批次效应、技术偏差或验证实验结果等信息，源站未提供。因此，在使用该数据集时，应结合源站记录及其链接的原始数据说明进行判断。关于该数据集的局限性，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Comparative Analysis of microRNA Expression in Ser... (ID 1283214) - BioProject - NCBI”。关于具体的引用格式、许可条款、使用限制或数据共享政策，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE301072

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1283214

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

采用定制qPCR panel对来自23例患者的配对血清和血浆样本进行了分析，该panel包含182个miRNA。由于本实验是研究BRCA突变或BRCA相关癌症（尤其是卵巢癌和乳腺癌）相关miRnome改变的更广泛研究的一部分，所分析的样本中有17例来自携带BRCA1/2突变的患者。本分析之前，已对更大样本子集进行了基于测序的定量，其结果已单独提交至GEO，登录号为GSE299150。本数据集的生成得到了Gray Foundation资助项目“Circulating microRNAs for assessment of risk beyond the BRCA genes and early detection of breast cancer in high-risk families”（授予Dipanjan Chowdhury）以及波兰国家科学中心OPUS资助项目“Predictive Potential of Circulating MicroRNA Biomarkers in Patients with High Familial or Genetic Risk of Cancer”（2023/49/B/NZ5/03835，授予Wojciech Fendler）的支持。总体设计：使用了包含182个miRNA的miRCURY LNA miRNA PCR定制panel。在血清或血浆样本中至少有50%的样本中检测到的miRNA被纳入最终分析。

标准化基于一组中所有样本检测到的miRNA的Cq值均值。dCq值计算为给定样本的全局平均Cq与感兴趣miRNA的Cq之间的差值。采用差异表达和相关性分析来评估血浆和血清之间miRNA丰度的异同。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别