突触融合蛋白结合蛋白1调控MDA-MB-231细胞中DNA修复相关可变剪接事件
数据可用于研究该基因在乳腺癌细胞可变剪接调控及 DNA 修复通路中的作用，支持转录组层面的基因表达与剪接分析（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
突触融合蛋白结合蛋白1调控MDA-MB-231细胞中DNA修复相关可变剪接事件
PRJNA1212548 是一个聚焦于乳腺癌细胞分子机制的生物项目数据集，其完整英文名称为“Syntaxin Binding Protein 1 regulates the alternative splicing events related to DNA repair in MDA-MB-231 cells”。该数据集归属于肿瘤 / 乳腺癌分类，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，来源于 NCBI 的 BioProject 数据库。从整体上看，该数据集围绕 Syntaxin Binding Protein 1（STXBP1）基因在 MDA-MB-231 乳腺癌细胞中对可变剪接事件的调控作用展开，尤其关注与 DNA 修复相关的剪接变化。数据可用于在转录组层面分析基因表达与剪接模式，为研究该基因在乳腺癌细胞中的功能机制提供数据支持。
【数据集背景】
该数据集所对应的 BioProject 记录来自 NCBI，其源站描述指出，BioProject 是围绕某一特定研究计划或倡议所收集的生物学数据集合，这些数据可来自单一组织或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集即属于此类项目记录，其研究主题明确指向 Syntaxin Binding Protein 1 在 MDA-MB-231 细胞中对 DNA 修复相关可变剪接事件的调控。乳腺癌是肿瘤研究中的重要领域，而可变剪接与 DNA 修复通路的关联分析属于转录组研究中的常见方向。该数据集正是围绕这一具体生物学问题而组织。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。数据集名称中提及“alternative splicing events related to DNA repair”，说明其关注的是与 DNA 修复相关的可变剪接事件。研究体系为 MDA-MB-231 细胞，这是一种乳腺癌细胞系。数据集的核心内容应涉及 Syntaxin Binding Protein 1 对该细胞中可变剪接调控的影响，并聚焦于 DNA 修复相关通路。关于具体的样本数量、测序平台、数据文件格式、数据量大小等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目 ID 为 1212548。源站标题显示为“Syntaxin Binding Protein 1 regulates the alternati... (ID 1212548) - BioProject - NCBI”。BioProject 作为数据集合记录，提供指向该项目所产生的多种数据类型的链接。关于具体的采集方法、实验设计、细胞培养条件、测序建库流程、数据采集时间等详细信息，源站未提供。
【适用场景】
根据侧写线索，该数据可用于研究 Syntaxin Binding Protein 1 在乳腺癌细胞可变剪接调控及 DNA 修复通路中的作用，支持转录组层面的基因表达与剪接分析。具体而言，适用场景包括：分析 MDA-MB-231 细胞中受该基因调控的可变剪接事件；探索 DNA 修复相关基因的剪接变化；在转录组水平上研究基因表达差异；以及为乳腺癌分子机制研究提供数据参考。该数据集属于肿瘤 / 乳腺癌分类，因此也适用于乳腺癌相关的基础研究。关于更具体的分析场景或应用方向，源站未提供。
【使用方法】
该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，用户可通过 BioProject 记录入口查找该项目所关联的多种数据类型。由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，使用者可预期获取转录组或基因表达相关数据，并围绕可变剪接与 DNA 修复通路进行分析。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、所需软件或参考基因组版本等信息，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 记录，其源站描述强调 BioProject 提供的是指向多种数据类型的链接集合，而非单一类型的数据文件。因此，使用者在利用该数据集时，需注意其作为项目入口的性质。关于数据质量评估、样本重复数、测序深度、数据完整性、潜在偏差等具体质量指标，源站未提供。此外，该数据集仅针对 MDA-MB-231 细胞系，其结论是否可推广至其他乳腺癌细胞或临床样本，源站未提供相关信息。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI BioProject，项目 ID 为 1212548。关于具体的引用格式、文献出处、数据使用许可条款、授权范围等信息，源站未提供。使用者在引用或使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 的相关政策及项目页面所附信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1212548
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
乳腺癌已成为全球范围内一种常见的癌症，尤其是三阴性乳腺癌。该疾病的高患病率和恶性特征与多种环境因素和分子影响有关。Syntaxin Binding Protein 1（STXBP1）是一种主要在大脑中表达的跨膜转运蛋白，在调节神经递质释放中发挥关键作用。STXBP1的低表达水平与乳腺癌不良预后呈正相关。然而，STXBP1参与乳腺癌发生发展的机制仍不清楚。在本研究中，我们在三阴性乳腺癌细胞（MDA-MB-231）中进行了STXBP1过表达，并随后评估了其对细胞特征的影响。之后，我们采用转录组测序（RNA-seq）技术来探究与STXBP1过表达相关的下游靶点。在MDA-MB-231细胞中，STXBP1过表达显著抑制了细胞增殖并提高了细胞凋亡水平。
通过分析RNA测序数据，我们发现STXBP1通过调控111个差异表达基因（DEGs）和1161个受调控的可变剪接事件（RASEs），整体调控MDA-MB-231细胞中的表达谱和可变剪接谱。STXBP1在调控众多DNA修复相关基因（包括USP48和PLEC）的剪接模式中发挥关键作用。最后，我们通过RT-qPCR分析验证了这些基因的表达变化以及关键通路中的可变剪接事件。此外，我们对放疗乳腺癌细胞的转录组数据与我们自己的数据集进行了重叠分析，揭示了21个差异可变剪接事件。值得注意的是，其中包括DNA修复相关基因UBE21，其表达模式得到了RT-qPCR实验的证实。我们推测，STXBP1可能在辐射中发挥作用。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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