基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

胰岛素抵抗通过脂肪细胞来源外泌体增强TNBC侵袭性与脑转移

该数据集在 NCBI BioProject 中的编号为 1208516，英文名称为“Insulin Resistance Increases TNBC Aggressiveness and Brain Metastasis via Adipocyte-derived Exosomes”。从名称可以看出，该数据集围绕胰岛素抵抗、三阴性乳腺癌（TNBC）侵袭性以及脑转移之间的关系展开，并涉及脂肪细胞来源外泌体这一机制线索。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明数据与转录组或基因表达相关。本站将其归类为肿瘤 / 乳腺癌方向。整体而言，该数据集适合作为研究代谢异常与乳腺癌恶性进展之间联系的生物信息学资源，尤其关注胰岛素抵抗背景下 TNBC 的分子表达特征及其向脑转移发展的潜在机制。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，编号为 1208516。BioProject 是围绕某一项研究计划或项目而组织的生物数据集合，通常由单一机构或联合体发起，旨在为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据。该项目的标题明确指出其研究背景涉及胰岛素抵抗、三阴性乳腺癌（TNBC）的侵袭性增强以及脑转移，并进一步指向脂肪细胞来源外泌体作为潜在介导因素。因此，该数据集所承载的生物学问题，集中在代谢紊乱状态如何通过细胞间通讯影响肿瘤行为这一方向。本站分类将其归入肿瘤 / 乳腺癌，说明其应用领域与乳腺癌，特别是三阴性乳腺癌的基础与转化研究密切相关。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。这意味着数据可能涉及基因表达水平的检测结果，用于比较不同条件或不同样本之间的转录差异。不过，关于具体样本数量、测序平台、基因数量、表达矩阵结构、分组设计、差异表达分析结果等细节，源站未提供。因此，无法进一步说明该数据集包含哪些具体文件、数据格式或分析层级。可以明确的是，其内容围绕胰岛素抵抗、TNBC 侵袭性与脑转移以及脂肪细胞来源外泌体这一研究主题展开，并以转录组或基因表达信息为核心数据类型。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的记录，项目编号为 1208516。BioProject 记录本身并不直接等同于某一类原始数据文件，而是作为项目层面的索引，帮助用户找到由该项目产生的多种数据类型。源站描述指出，BioProject 是围绕单一研究计划收集生物数据的集合，来源于单一组织或联合体，并为用户提供查找该项目相关数据的统一位置。关于该数据集的具体采集方法、样本来源、实验设计、伦理审批信息、采集时间与地点等，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和标题信息，该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是涉及三阴性乳腺癌、胰岛素抵抗、肿瘤侵袭性、脑转移以及脂肪细胞来源外泌体等方向的分析。研究人员可将其用于探索代谢异常与肿瘤进展之间的分子联系，或作为乳腺癌脑转移机制研究的表达数据资源。由于本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，该数据集也可能服务于肿瘤生物学、肿瘤微环境、细胞间通讯和外泌体相关研究。但具体适用的分析类型、可支持的假设检验范围以及是否适合临床转化研究，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库进行访问，项目编号为 1208516。用户可在 BioProject 记录中查找与该计划相关的数据链接，进而获取由该项目产生的不同数据类型。由于 BioProject 提供的是项目层面的统一入口，具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、预处理流程和参数设置，需依据源站记录中提供的链接和说明进行操作。关于如何引用、如何提取表达矩阵、如何复现分析等操作细节，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库中的项目记录，其来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 作为项目索引，能够帮助用户集中查找与某一研究计划相关的数据，但其本身并不一定包含完整的实验细节或分析结果。关于该数据集的数据质量、样本量、测序深度、覆盖度、批次效应、缺失值情况、验证程度以及潜在偏倚，源站未提供。因此，在使用时应结合源站记录中的原始说明和关联数据自行评估。该数据集的限制还包括：其标题和主题标签虽指向转录组或基因表达，但具体数据内容和分析层级尚不明确，源站未提供进一步信息。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject，编号为 1208516，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用格式、许可协议、使用条款、数据共享政策以及是否允许再分发或商业使用等信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI 及 BioProject 的相关规定，并依据源站记录中的引用说明进行规范引用。由于源站未提供具体许可信息，无法进一步说明其使用限制或授权条件。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE286275

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1208516

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含从4T1细胞中获得的mRNA测序数据，这些细胞或来自体外细胞培养，或来自脑部克隆形成实验，或来自经胰岛素敏感（IS）或胰岛素抵抗（IR）脂肪细胞来源外泌体处理的原发肿瘤；以及经miR-145a-3p处理的体外培养4T1细胞。此外，还包括来自IS和IR脂肪细胞来源外泌体的外泌体小RNA。提取RNA并进行测序，以研究差异基因表达及相关生物学通路。本研究旨在阐明脂肪细胞中的胰岛素抵抗如何影响基因表达、癌症侵袭性和转移。数据包括每种条件下重复样本的原始和处理后的mRNA测序文件。总体设计：细胞用来自IS或IR脂肪细胞的外泌体处理。按照制造商说明，使用RNeasy Plus Mini Kit（QIAGEN，货号74136）提取总RNA。制备测序文库并使用Illumina平台测序，产生双端reads。使用nf-core RNA-seq流程处理数据，并使用DESeq2分析差异表达。

低表达基因（至少在3个样本中每百万读数少于3）被过滤掉，并针对文库大小差异对数据进行了标准化处理。使用基因本体论（GO）对差异表达基因（DEGs）进行通路富集分析，并进一步与癌症基因组图谱（TCGA）中乳腺癌患者的生存结果相关联。生存分析采用Cox比例风险模型进行。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别