PRJNA1154703：浸润性小叶癌中癌相关成纤维细胞驱动的旁分泌 IL-6/STAT3 信号促进迁移与播散
该数据集来自 NCBI BioProject，编号 PRJNA1154703，主题为浸润性小叶癌中癌相关成纤维细胞驱动的旁分泌 IL-6/STAT3 信号促进肿瘤迁移与播散
基本信息
资源简介
PRJNA1154703：浸润性小叶癌中癌相关成纤维细胞驱动的旁分泌 IL-6/STAT3 信号促进迁移与播散
PRJNA1154703 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录，主题聚焦于浸润性小叶癌中癌相关成纤维细胞驱动的旁分泌 IL-6/STAT3 信号如何促进肿瘤迁移与播散。该数据集归类于肿瘤与乳腺癌方向，主题标签为转录组或基因表达。BioProject 作为生物数据的集合，通常围绕某一项单一研究计划而建立，来源于某个组织或联盟，并为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该记录为研究者了解这一特定乳腺癌亚型中肿瘤微环境与信号通路相互作用提供了数据索引。
【数据集背景】
浸润性小叶癌是乳腺癌的一种特殊病理亚型，其肿瘤细胞常呈弥漫性生长，并具有独特的播散模式。肿瘤微环境中的癌相关成纤维细胞被认为是影响肿瘤进展的重要因素。该数据集所对应的研究计划，关注癌相关成纤维细胞如何通过旁分泌信号机制影响浸润性小叶癌的迁移与播散。具体而言，研究主题涉及 IL-6/STAT3 信号通路在这一过程中的作用。该记录来源于 NCBI BioProject，属于肿瘤与乳腺癌分类，主题标签为转录组或基因表达，说明该项目所产生的数据与基因表达谱或转录组分析相关。源站未提供该研究计划的具体实验设计、样本数量、时间跨度或研究机构等背景信息。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容与转录组或基因表达相关。BioProject 记录本身并不直接等同于某一类原始数据文件，而是作为项目入口，链接到该项目所产生的多种数据类型。源站描述指出，BioProject 为用户提供一个单一位置，以查找为该项目生成的不同数据类型。因此，PRJNA1154703 可能关联转录组或基因表达数据，但源站未提供具体的样本类型、测序平台、数据格式、文件数量或数据规模等细节。源站未提供该项目的详细数据组成清单。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 BioProject - NCBI。BioProject 是 NCBI 提供的生物项目数据库，用于汇集与某一研究计划相关的生物数据。该记录编号为 PRJNA1154703，来源于单一组织或联盟的研究计划。源站未提供该项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间或伦理审批信息。源站未提供该项目的原始数据生成方式或实验方法细节。
【适用场景】
该数据集适用于与浸润性小叶癌、癌相关成纤维细胞、旁分泌信号、IL-6/STAT3 信号通路、肿瘤迁移与播散相关的转录组或基因表达研究。研究者可利用该 BioProject 记录作为入口，查找该项目产生的基因表达数据，用于探索肿瘤微环境中细胞间通讯机制，或用于乳腺癌亚型相关的比较分析。由于主题标签为转录组或基因表达，该数据集可能适用于差异表达分析、通路富集分析或信号通路相关研究。源站未提供该数据集在其他具体应用场景中的使用说明。
【使用方法】
该数据集为 NCBI BioProject 记录，用户可通过编号 PRJNA1154703 在 NCBI BioProject 数据库中检索并访问。BioProject 记录提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此进一步获取转录组或基因表达相关数据。源站未提供该项目的具体数据下载方式、分析流程、软件工具或使用教程。源站未提供该项目的访问权限设置或数据获取限制说明。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源。源站描述说明了 BioProject 的基本性质，即围绕单一研究计划汇集生物数据，并提供统一查找入口。然而，源站未提供该项目的质量控制指标、数据完整性评估、测序深度、覆盖度或验证方法等信息。源站未提供该项目的样本量、重复数或统计功效等细节。因此，用户在使用该数据集时，需自行参考原始项目或相关数据文件以评估其质量与适用性。源站未提供该项目的具体限制说明。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI BioProject，编号为 PRJNA1154703。源站未提供该项目的具体引用格式、许可协议或使用条款。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 的通用引用规范以及该项目页面所提供的引用信息。源站未提供该项目的数据共享政策或版权声明。源站未提供该项目的具体许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1154703
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
浸润性小叶癌（ILC）是一种研究不足但常见的乳腺癌亚型。由于其单列浸润性生长模式，ILC肿瘤的一个关键特征是间质含量高，尤其是癌症相关成纤维细胞（CAFs）丰富。我们发现，原代ILC患者来源的CAFs分泌的IL-6驱动ILC细胞系中STAT3的激活，并且发现在ILC肿瘤中，IL6、STAT3、pSTAT3以及由CAF条件培养基中IL-6诱导的后续下游基因表达相较于浸润性导管癌肿瘤（最常见的乳腺癌亚型）上调。该数据集包含来自ILC细胞系（SUM44PE和MDA-MB-134VI）和患者来源类器官（HCI-013和HCI-018）的3’-mRNAseq数据，这些细胞经重组人IL-6（10 ng/ml）刺激24小时或1周，或SUM44PE细胞经来自ED26原代ILC CAFs（表征见：doi.org/10.3390/cancers14040904）收集的CAF条件培养基（CAF CM）刺激，±IL-6中和抗体。RNA使用Qiagen RNeasy mini-kit提取，文库使用QuantSeq 3’ mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD) for Illumina（Lexogen Inc, #015）制备。
总体设计：浸润性小叶癌细胞系（SUM44PE和MDA-MB-134VI）或患者来源的类器官（HCI-013和HCI-018）经原代ILC CAF条件培养基刺激24小时，加或不加抗IL-6中和抗体（SUM+CM实验），或加入10 ng/ml重组人IL-6刺激24小时（+ IL-6实验）或1周。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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