PRJNA1140216：ER阳性乳腺癌CDK4/6抑制剂耐药转录调控

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1140216

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

CDK4/6抑制剂（CDK4/6i）耐药是ER+乳腺癌患者面临的紧迫临床问题。前期工作已确定CDK6过表达是CDK4/6抑制获得性耐药的关键决定因素之一。本数据集探究CDK6相互作用因子/招募因子，以确定它们在CDK4/6i耐药机制转录调控中的作用，并将为克服耐药提供新的治疗策略。总体设计：使用RNeasy Mini Kit（Qiagen）从经载体（Palcociclib耐药型100nM）处理或加入JQ1（300nM - 24小时）处理的培养细胞中提取RNA。在RNA测序之前，使用RNase-Free DNase Set（Qiagen）对RNA进行DNase处理。按照制造商方案，使用QIAseq FastSelect rRNA HMR试剂从100ng纯化RNA中进行rRNA去除。使用Roche Kapa Biosystems RNA HyperPrep样本制备试剂在Beckman Coulter Biomek i7上构建文库。完成的双链DNA文库通过Qubit荧光计和Agilent TapeStation 4200进行定量。

独特双索引文库以等摩尔比例混合，并在Illumina MiSeq上进行浅测序，以进一步评估文库质量和混合平衡。最终混合文库在Dana-Farber癌症研究所分子生物学核心设施使用Illumina NovaSeq 6000进行双端150bp测序。测序读段比对至UCSC hg38参考基因组组装，并使用STAR (v2.7.3a) 进行基因计数定量。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。