基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

MDA-MB-231/OLIVe 异种移植瘤 OLIVe FRET-High 与 FRET-Low 细胞群体转录组分析

该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项转录组研究项目，英文名称为 PRJDB42235: Transcriptome profiling of OLIVe FRET-High and FRET-Low cell populations isolated from MDA-MB-231/OLIVe xenograft tumor。项目针对从 MDA-MB-231/OLIVe 异种移植肿瘤中分离的 OLIVe FRET-High 与 FRET-Low 细胞群体开展转录组分析，属于肿瘤/乳腺癌研究领域，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 Homo sapiens (ID 1483033) - BioProject - NCBI。整体而言，该项目提供了在异种移植肿瘤背景下比较两类 FRET 表型细胞群体基因表达特征的数据资源，可供转录组与乳腺癌相关研究参考。

【数据集背景】

该数据集所属的 BioProject 是 NCBI 对生物学数据的一种组织方式。根据源站描述，BioProject 是针对单一研究计划、由单一机构或联合体发起的数据集合，其记录为用户提供一个统一入口，用于查找该项目所产生的多种数据类型。本项目聚焦于 MDA-MB-231/OLIVe 异种移植肿瘤模型，研究对象为从中分离的 OLIVe FRET-High 与 FRET-Low 两类细胞群体。项目以转录组分析为核心，主题标签明确为 Transcriptome or Gene expression，所属分类为肿瘤/乳腺癌。该背景表明，项目旨在从基因表达层面刻画两种 FRET 表型细胞群体在异种移植肿瘤中的差异特征。

【数据内容】

该数据集的内容为转录组分析数据，针对从 MDA-MB-231/OLIVe 异种移植肿瘤中分离的 OLIVe FRET-High 与 FRET-Low 细胞群体进行。主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明数据涉及基因表达层面的信息。源站标题显示其与 Homo sapiens（ID 1483033）相关。除上述信息外，关于样本数量、测序平台、数据量、具体分析结果等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 Homo sapiens (ID 1483033) - BioProject - NCBI。项目英文名称明确其研究对象为从 MDA-MB-231/OLIVe 异种移植肿瘤中分离的 OLIVe FRET-High 与 FRET-Low 细胞群体。根据源站描述，BioProject 记录提供统一入口，链接该项目产生的多种数据类型。关于样本采集的具体流程、分离方法、实验条件、时间地点等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤/乳腺癌领域的转录组研究，尤其是涉及 MDA-MB-231/OLIVe 异种移植肿瘤模型以及 OLIVe FRET-High 与 FRET-Low 细胞群体比较的分析场景。主题标签为 Transcriptome or Gene expression，因此可用于基因表达特征探索、两类细胞群体差异表达分析等方向。关于更具体的适用场景，源站未提供。

【使用方法】

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，用户可通过 BioProject 记录查找该项目产生的多种数据类型。源站描述指出，BioProject 记录为用户提供单一入口以链接项目相关的多样数据类型。关于数据下载、处理流程、分析工具等具体使用方法，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 收录项目。关于数据质量指标、样本量、批次效应、技术偏差、覆盖度、验证情况等质量与限制信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 Homo sapiens (ID 1483033) - BioProject - NCBI。关于引用方式、许可条款、使用限制等具体信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJDB42235

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB42235

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为研究人三阴性乳腺癌（TNBC）肿瘤内支链氨基酸（BCAA）的异质性，将稳定表达BCAA特异性FRET生物传感器OLIVe的MDA-MB-231细胞异种移植到NSG小鼠体内。将解离的肿瘤细胞根据OLIVe FRET比值通过FACS分选为BCAA高（FRET-High）和BCAA低（FRET-Low）群体，并提取总RNA，在Illumina NextSeq平台上进行bulk RNA测序。每个群体获得三个生物学重复。测序reads来自异种移植肿瘤解离的细胞。该数据集与手稿“Distinct metabolic dependency on BCAA defines cancer stemness and malignancy in human triple-negative breast cancer”相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别