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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJDB40740：配体依赖的细胞周期基因表达胞内异质性

PRJDB40740 是一个围绕人类细胞在配体依赖条件下细胞周期基因表达胞内异质性展开的转录组或基因表达类数据集，源站标题为“Homo sapiens (ID 1482877) - BioProject - NCBI”，来自 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集在本站被归类为肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。其核心关注点在于：细胞周期相关基因的表达并非在细胞群体中均匀一致，而是可能因配体依赖条件而在细胞内呈现异质性。这一特征使其可用于观察乳腺癌相关背景下细胞周期基因表达的差异，以及配体调控对表达异质性的影响，并为转录组层面的表达模式分析提供数据基础。整体而言，该数据集属于以基因表达为主要观测层面的生物项目资源，适合围绕细胞周期、配体响应与胞内表达差异开展探索性分析。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 体系中的一项记录，源站标题标明物种为 Homo sapiens，编号为 ID 1482877。BioProject 在源站描述中被界定为与单一研究计划相关的生物数据集合，通常来自单一机构或联盟；一个 BioProject 记录为用户提供单一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。基于这一背景，PRJDB40740 所承载的并非单一实验表格，而是围绕“配体依赖的细胞周期基因表达胞内异质性”这一研究主题组织起来的数据集合。本站将其归入肿瘤 / 乳腺癌分类，说明该主题在应用层面与乳腺癌研究语境存在关联。主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明数据的主要类型落在转录组或基因表达测量范畴。整体来看，该数据集旨在支持对配体依赖条件下细胞周期基因表达异质性的观察与分析。

【数据内容】

从主题标签和标题来看，数据内容围绕人类细胞的转录组或基因表达展开，重点落在细胞周期相关基因在配体依赖条件下的胞内异质性。所谓胞内异质性，指向同一细胞群体内部不同细胞之间在基因表达上的差异，而该数据集将这种差异与配体依赖条件和细胞周期基因联系起来。因此，数据内容可用于考察细胞周期基因表达是否随配体条件变化而呈现细胞间不一致，以及这种不一致在转录组层面如何体现。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，进一步提示该数据可在乳腺癌相关研究背景中被使用，用于探讨细胞周期基因表达差异与配体调控之间的关系。除上述主题信息外，源站未提供更细的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 1482877) - BioProject - NCBI”。其记录形式属于 BioProject，即围绕单一研究计划组织的生物数据集合，来源可能是单一机构或联盟。源站描述强调，BioProject 记录的作用是提供单一入口，使用户能够找到该项目产生的多种数据类型。就本数据集而言，来源信息表明其与人类样本相关，并以转录组或基因表达为主题标签。关于具体样本采集方式、实验平台、测序或检测方法、样本数量、组织类型、处理条件等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于转录组或基因表达层面的分析场景，尤其是围绕细胞周期基因表达异质性的探索。具体而言，可用于研究乳腺癌相关细胞周期基因表达差异，也可用于考察配体调控下的表达异质性，以及开展转录组层面的表达模式分析。由于主题标签明确为 Transcriptome or Gene expression，其典型用途包括表达谱比较、基因表达模式聚类、差异表达探索以及细胞间异质性分析等。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，意味着该数据可在肿瘤特别是乳腺癌研究语境中作为表达层面的参考或分析对象。需要指出的是，以上适用方向均基于标题、主题标签和分类信息，源站未提供具体分析结论或验证结果。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录形式存在，源站描述指出其可作为单一入口，帮助用户找到该项目产生的多种数据类型。因此，使用时可先通过该 BioProject 记录定位相关数据资源，再根据主题标签 Transcriptome or Gene expression 选择相应的表达数据进行分析。分析方向可围绕细胞周期基因表达、配体依赖条件和胞内异质性展开，例如比较不同条件下的表达模式，或评估细胞群体内表达差异。若需结合乳腺癌背景，可参考本站分类进行上下文关联。关于具体下载方式、文件格式、数据处理流程和分析工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，源站描述说明其用于汇集与单一研究计划相关的生物数据，并提供多数据类型入口。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，标题明确指向配体依赖的细胞周期基因表达胞内异质性。然而，关于样本量、重复数、测序深度、覆盖度、质控指标、批次效应、数据完整性等质量相关信息，源站未提供。关于该数据集是否经过特定验证、是否存在使用限制或技术偏差，源站未提供。因此，在缺乏具体质量指标的情况下，使用时应以源站记录和实际下载数据为准，避免对数据质量作出超出信息范围的判断。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 1482877) - BioProject - NCBI”。关于引用方式、许可条款、使用限制或授权信息，源站未提供。由于该记录属于 BioProject 体系，使用时应遵循源站的相关政策与标注要求；但具体引用格式和许可条件，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJDB40740

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB40740

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究考察了ErbB2信号网络中配体特异性激活及其对人BT474乳腺癌细胞转录调控和细胞周期进程的影响。我们采用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了细胞在G1/S转换前后4、8和16小时对表皮生长因子（EGF）和heregulin（HRG）刺激的转录反应，G1/S转换通过FUCCI报告系统评估。我们特别关注了转录因子、其靶基因在单个细胞间表达的变异性，以及单细胞水平上的转录异质性，这些因素可能影响S期进入。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别