Midkine作为年龄相关变化及乳腺肿瘤发生增加驱动因素的数据集 [scRNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE251834

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

衰老是癌症的关键风险因素之一，尤其是在乳腺癌中，其诊断的平均年龄为62岁。然而，衰老与乳腺癌易感性之间的复杂机制仍不清楚。在本研究中，我们描绘了不同年龄大鼠乳腺组织的基因表达（scRNA-seq）和染色质可及性（scATAC-seq）的综合单细胞图谱。在机制上，我们揭示了中期因子（midkine）——一种由基底上皮细胞分泌的生长因子——可能介导了与年龄相关的乳腺变化。为验证这一点，我们用中期因子处理年轻大鼠一个月，并对这些乳腺组织进行了单细胞转录组分析。我们发现中期因子可通过激活PI3K/AKT-SREBF1信号通路在很大程度上介导衰老上皮细胞的转录转变和过度增殖。此外，我们发现衰老相关的中期因子积累可在很大程度上介导乳腺的衰老相关变化，并促进乳腺肿瘤的发生，这一点通过成熟的亚硝基-N-甲基脲（NMU）诱导的乳腺癌大鼠模型得到了证实。

我们的发现为乳腺衰老和肿瘤发生确定了一个有前景的生物标志物和干预靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。