三阴性乳腺癌综合基因组与转录组数据集
该数据集来自 figshare，包含 465 例原发性三阴性乳腺癌患者的多组学数据，涵盖基因组、转录组和临床信息，共 8 个文件，涉及突变、拷贝数变异和基因表达等数据
基本信息
资源简介
三阴性乳腺癌综合基因组与转录组数据集
A comprehensive genomic and transcriptomic dataset of triple-negative breast cancers
该数据集来自 figshare，包含 465 例原发性三阴性乳腺癌患者的多组学数据，涵盖基因组、转录组和临床信息，共 8 个文件，涉及突变、拷贝数变异和基因表达等数据。数据经过更新流程和 hg38 参考基因组重新分析，可用于 TNBC 分子分型、机制研究及靶点发现，并支持数据再利用（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2022-07-03。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：三阴性乳腺癌（TNBC）的分子分型对于理解这种高度异质性乳腺癌的机制和发现可操作靶点至关重要。我们此前开展了一项大型单中心多组学研究，包含 465 例原发性 TNBC 患者的基因组学、转录组学和临床信息。为便于重复使用这一独特数据集，本研究提供了数据集的详细描述，特别关注数据质量。多组学数据总体质量较高，但少数测序数据存在质量问题，在后续数据再利用时应注意。此外，我们使用更新后的流程和从 hg19 更新至 hg38 的人类参考基因组重新进行了数据分析。更新后的图谱在基因定量方面与先前发表的结果高度一致，
【数据结构与技术规格】
文件数 8 个，合计 1.21 GB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.19783498.v5。
【主题与分类】
源站学科分类：Gene expression (incl. microarray and other genome-wide approaches)、Genomics、Oncology and carcinogenesis not elsewhere classified。主题标签：breast cancer biology、cohort design study、Transcriptomic Analysis、Genomic Analysis、Genomics、Cancer。本站分类：肿瘤/乳腺癌。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Gene expression (incl. microarray and other genome-wide approaches)、Genomics、Oncology and carcinogenesis not elsewhere classified。
【获取与许可】
源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/A_comprehensive_genomic_and_transcriptomic_dataset_of_triple-negative_breast_cancers/19783498
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Chen, Qingwang; Liu, Yaqing; Gao, Yuechen; Zhang, Ruolan; Hou, Wanwan; Cao, Zehui; et al. (2022). A comprehensive genomic and transcriptomic dataset of triple-negative breast cancers. figshare. Dataset
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数据集获取（Figshare）
- 源站标题：A comprehensive genomic and transcriptomic dataset of triple-negative breast cancers
- DOI：10.6084/m9.figshare.19783498.v5
- 发布日期：2022-07-03
- 文件数：8 个
- 文件总体积：1.21 GB
- 源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/A_comprehensive_genomic_and_transcriptomic_dataset_of_triple-negative_breast_cancers/19783498
命令行下载
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curl -L -o "FUSCCTNBC_Expression_RNAseqFPKM_hg38.tsv" "https://ndownloader.figshare.com/files/35150698"
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curl -L -o "FUSCCTNBC_Expression_RNAseqTPM_hg38.tsv" "https://ndownloader.figshare.com/files/35215000"
curl -L -o "FUSCCTNBC_Expression_RNAseqCount_RUVg_hg38.tsv" "https://ndownloader.figshare.com/files/36136520"
文件清单
FUSCCTNBC_GISTIC_all_thresholded.by_genes_hg38.tsv（24.53 MB）FUSCCTNBC_Mutations_Extended_hg38.maf（44.46 MB）FUSCCTNBC_Expression_RNAseqCount_hg38.tsv（71.36 MB）FUSCCTNBC_Expression_RNAseqFPKM.Zscore_hg38.tsv（376.55 MB）FUSCCTNBC_Expression_RNAseqFPKM_hg38.tsv（119.23 MB）FUSCCTNBC_Expression_RNAseqTPM.Zscore_hg38.tsv（377.00 MB）FUSCCTNBC_Expression_RNAseqTPM_hg38.tsv（125.11 MB）FUSCCTNBC_Expression_RNAseqCount_RUVg_hg38.tsv（68.61 MB）
文件总体积 1.21 GB（源站 API 实测）。
数据说明
三阴性乳腺癌（TNBC）的分子亚型分型对于理解这种高度异质性乳腺癌的机制和发现可操作的靶点至关重要。我们此前开展了一项大型单中心和多组学研究，包括来自465例原发性TNBC患者的基因组学、转录组学和临床信息。为便于重复使用这一独特数据集，本研究提供了数据集的详细描述，并特别关注数据质量。多组学数据总体质量较高，但少数测序数据存在质量问题，在后续数据再利用中应予以注意。此外，我们使用更新的分析流程和从hg19更新至hg38版本的人类参考基因组重新进行了数据分析。更新后的图谱在基因定量、变异检测和拷贝数改变方面与先前发表的结果高度一致。另外，我们开发了一个用户友好的基于网络的数据库，以便捷访问和交互式探索该数据集。我们的工作将促进该数据集的再利用，最大化数据价值，并进一步加速癌症研究。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.6084/m9.figshare.19783498.v5（source: https://figshare.com/articles/dataset/A_comprehensive_genomic_and_transcriptomic_dataset_of_triple-negative_breast_cancers/19783498）。
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