胶质母细胞瘤肿瘤起始细胞中ZFHX4与CHD4的ChIP测序

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-52419

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤（GBM）中存在具有自我更新和多向分化能力的治疗抵抗性肿瘤起始细胞（TIC）亚群。为了理解TIC状态的调控机制，我们进行了一项基于图像的筛选，以寻找调控GBM TIC维持的基因，并鉴定出ZFHX4，一种397 kDa的转录因子。ZFHX4是体外维持TIC相关表型所必需的，表明ZFHX4调控TIC分化，而其抑制可增加颅内异种移植模型中的无胶质瘤生存期。ZFHX4与CHD4相互作用，CHD4是NuRD（核小体重塑和去乙酰化酶）复合体的核心成员。ZFHX4和CHD4结合重叠的基因组位点，并控制相似的基因表达程序。利用来自GBM患者的表达数据，我们证明ZFHX4是CHD4介导的基因表达的主调控因子。这些观察结果将ZFHX4定义为连接染色质重塑NuRD复合体与GBM TIC状态的调控因子。使用0308肿瘤起始细胞系检测ZFHX4和CHD4在整个人类基因组上的结合情况。每种蛋白质两个重复样本，与全细胞提取物输入对照进行比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。