用于胶质母细胞瘤检测与(假性)进展监测的肿瘤教育血小板RNA
数据为 805 份血液血小板样本的 RNA 测序数据,包括 240 份来自胶质母细胞瘤患者的肿瘤教育血小板(TEP)样本、126 份来自脑转移患者的 TEP 样本,以及 353 名无症状对照和 86 名多发性硬化症个体的血小板 RNA 测序数据

基本信息
资源简介
用于胶质母细胞瘤检测与(假性)进展监测的肿瘤教育血小板RNA
该数据集为血液血小板 RNA 测序数据,共涵盖 805 份血液血小板样本。其中包括 240 份来自胶质母细胞瘤患者的肿瘤教育血小板(TEP)样本,以及 126 份来自脑转移患者的 TEP 样本。此外,还包含 353 名无症状对照个体和 86 名多发性硬化症个体的血小板 RNA 测序数据。该数据集的核心价值在于展示基于 TEP RNA 的“液体活检”诊断方法在胶质母细胞瘤检测及(假性)进展监测方面的能力。从分类上看,该数据集属于肿瘤领域下的脑肿瘤方向,主题标签为转录组学,来源站点为 omicsdi.org。
【数据集背景】
胶质母细胞瘤是脑肿瘤中具有高度侵袭性的类型,其检测与病程监测在临床实践中面临挑战。传统的组织活检具有侵入性,且难以反复进行以动态反映疾病变化。基于血液的血小板 RNA 分析提供了一种潜在的微创或非侵入性策略。肿瘤教育血小板(TEP)是指被肿瘤细胞影响后其 RNA 组成发生改变的血小板,这类改变可能携带与肿瘤存在及进展相关的信息。该数据集正是围绕这一思路,通过 RNA 测序手段获取血小板转录组数据,以探索其在胶质母细胞瘤检测和(假性)进展监测中的应用潜力。所谓“假性进展”,通常指治疗后影像学上类似肿瘤进展但并非真实肿瘤生长的现象,区分真假进展对临床决策具有重要意义,而该数据集所强调的 TEP RNA 液体活检能力正与此类监测需求相关。
【数据内容】
该数据集包含 805 份血液血小板样本的 RNA 测序数据。按样本来源和类型划分,具体包括:240 份来自胶质母细胞瘤患者的 TEP 样本,126 份来自脑转移患者的 TEP 样本,353 份来自无症状对照个体的血小板样本,以及 86 份来自多发性硬化症个体的血小板样本。这些数据共同构成了一个以血小板 RNA 转录组为核心的数据集合,覆盖了肿瘤患者、其他中枢神经系统相关疾病患者以及无症状对照人群。主题标签为转录组学,表明数据的主要类型为 RNA 测序所获得的转录组信息。数据集英文名称为“Tumor-educated platelet RNA for the detection and (pseudo)progression monitoring of glioblastoma”,直接点明了其研究目标:利用肿瘤教育血小板 RNA 进行胶质母细胞瘤的检测和(假性)进展监测。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org 站点。根据源站描述,所报告的数据为血液血小板样本的 RNA 测序数据。样本采集对象包括胶质母细胞瘤患者、脑转移患者、无症状对照个体以及多发性硬化症个体。关于具体的采集时间、采集地点、样本处理流程、测序平台、测序深度、试剂型号等详细信息,源站未提供。因此,无法从现有信息中进一步说明样本如何采集、在何处采集、由谁采集以及采用何种具体实验方案。
【适用场景】
该数据集适用于与胶质母细胞瘤液体活检相关的研究场景,尤其是基于血小板 RNA 的检测和(假性)进展监测。具体而言,可用于探索 TEP RNA 作为生物标志物在胶质母细胞瘤识别中的表现,也可用于比较胶质母细胞瘤患者与脑转移患者、无症状对照以及多发性硬化症个体之间血小板 RNA 表达的差异。此外,由于数据集包含(假性)进展监测相关的研究目标,其潜在应用还包括研究治疗后影像学变化与血小板 RNA 特征之间的关系,以辅助区分真实进展与假性进展。主题标签为转录组学,说明该数据集适合转录组水平的分析,例如差异表达分析、分类模型构建或生物标志物筛选等。但需注意,这些适用方向基于数据集名称和源站描述所体现的研究目的,具体分析可行性仍取决于数据本身的质量和完整程度。
【使用方法】
源站未提供关于数据下载方式、文件格式、数据组织架构、预处理步骤、标准化方法、分析工具或代码示例的具体说明。因此,无法从现有信息中给出明确的使用操作指南。通常转录组测序数据可能以原始测序读段、表达矩阵或其他衍生形式提供,但该数据集实际以何种形式分发、是否需要申请访问、是否附带元数据表格等,源站未提供。使用者如需使用该数据集,应参考来源站点的具体说明。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、测序质量分数、样本排除标准、批次效应处理、数据完整性或潜在偏倚等方面的信息。因此,无法对数据集的质量水平做出判断。已知的限制包括:数据集虽然包含多种样本类型,但关于患者的临床特征(如年龄、性别、治疗状态、肿瘤分级、进展状态等)以及对照个体的匹配信息,源站未提供。此外,多发性硬化症个体作为非肿瘤对照被纳入,但其与胶质母细胞瘤比较时的适用性需谨慎考虑。由于缺乏详细的方法学描述,重复性分析和跨研究比较可能受到限制。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、文献出处、DOI、许可协议或使用条款等信息。因此,无法说明如何正确引用该数据集,也无法明确其是否允许自由使用、再分发或商业应用。使用者应直接访问来源站点 omicsdi.org 查询相关引用和许可要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE156902
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们报告了805份血液血小板样本的RNA测序数据,其中包括从胶质母细胞瘤患者收集的240份肿瘤教育血小板(TEP)样本,以及从脑转移患者收集的126份TEP样本。此外,我们还报告了从353名无症状对照者和86名多发性硬化症个体中分离出的血液血小板的RNA测序数据。此数据集突显了基于TEP RNA的“液体活检”诊断技术在胶质母细胞瘤检测及(伪)进展监测中的能力。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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