用于胶质母细胞瘤检测与(假性)进展监测的肿瘤教育血小板RNA

数据为 805 份血液血小板样本的 RNA 测序数据,包括 240 份来自胶质母细胞瘤患者的肿瘤教育血小板(TEP)样本、126 份来自脑转移患者的 TEP 样本,以及 353 名无症状对照和 86 名多发性硬化症个体的血小板 RNA 测序数据

omicsdi
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基因组分类Transcriptomics
Tumor-educated platelet RNA for the detection and (pseudo)progression monitoring of glioblastoma

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-11

资源简介

用于胶质母细胞瘤检测与(假性)进展监测的肿瘤教育血小板RNA

该数据集为血液血小板 RNA 测序数据,共涵盖 805 份血液血小板样本。其中包括 240 份来自胶质母细胞瘤患者的肿瘤教育血小板(TEP)样本,以及 126 份来自脑转移患者的 TEP 样本。此外,还包含 353 名无症状对照个体和 86 名多发性硬化症个体的血小板 RNA 测序数据。该数据集的核心价值在于展示基于 TEP RNA 的“液体活检”诊断方法在胶质母细胞瘤检测及(假性)进展监测方面的能力。从分类上看,该数据集属于肿瘤领域下的脑肿瘤方向,主题标签为转录组学,来源站点为 omicsdi.org。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是脑肿瘤中具有高度侵袭性的类型,其检测与病程监测在临床实践中面临挑战。传统的组织活检具有侵入性,且难以反复进行以动态反映疾病变化。基于血液的血小板 RNA 分析提供了一种潜在的微创或非侵入性策略。肿瘤教育血小板(TEP)是指被肿瘤细胞影响后其 RNA 组成发生改变的血小板,这类改变可能携带与肿瘤存在及进展相关的信息。该数据集正是围绕这一思路,通过 RNA 测序手段获取血小板转录组数据,以探索其在胶质母细胞瘤检测和(假性)进展监测中的应用潜力。所谓“假性进展”,通常指治疗后影像学上类似肿瘤进展但并非真实肿瘤生长的现象,区分真假进展对临床决策具有重要意义,而该数据集所强调的 TEP RNA 液体活检能力正与此类监测需求相关。

【数据内容】

该数据集包含 805 份血液血小板样本的 RNA 测序数据。按样本来源和类型划分,具体包括:240 份来自胶质母细胞瘤患者的 TEP 样本,126 份来自脑转移患者的 TEP 样本,353 份来自无症状对照个体的血小板样本,以及 86 份来自多发性硬化症个体的血小板样本。这些数据共同构成了一个以血小板 RNA 转录组为核心的数据集合,覆盖了肿瘤患者、其他中枢神经系统相关疾病患者以及无症状对照人群。主题标签为转录组学,表明数据的主要类型为 RNA 测序所获得的转录组信息。数据集英文名称为“Tumor-educated platelet RNA for the detection and (pseudo)progression monitoring of glioblastoma”,直接点明了其研究目标:利用肿瘤教育血小板 RNA 进行胶质母细胞瘤的检测和(假性)进展监测。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org 站点。根据源站描述,所报告的数据为血液血小板样本的 RNA 测序数据。样本采集对象包括胶质母细胞瘤患者、脑转移患者、无症状对照个体以及多发性硬化症个体。关于具体的采集时间、采集地点、样本处理流程、测序平台、测序深度、试剂型号等详细信息,源站未提供。因此,无法从现有信息中进一步说明样本如何采集、在何处采集、由谁采集以及采用何种具体实验方案。

【适用场景】

该数据集适用于与胶质母细胞瘤液体活检相关的研究场景,尤其是基于血小板 RNA 的检测和(假性)进展监测。具体而言,可用于探索 TEP RNA 作为生物标志物在胶质母细胞瘤识别中的表现,也可用于比较胶质母细胞瘤患者与脑转移患者、无症状对照以及多发性硬化症个体之间血小板 RNA 表达的差异。此外,由于数据集包含(假性)进展监测相关的研究目标,其潜在应用还包括研究治疗后影像学变化与血小板 RNA 特征之间的关系,以辅助区分真实进展与假性进展。主题标签为转录组学,说明该数据集适合转录组水平的分析,例如差异表达分析、分类模型构建或生物标志物筛选等。但需注意,这些适用方向基于数据集名称和源站描述所体现的研究目的,具体分析可行性仍取决于数据本身的质量和完整程度。

【使用方法】

源站未提供关于数据下载方式、文件格式、数据组织架构、预处理步骤、标准化方法、分析工具或代码示例的具体说明。因此,无法从现有信息中给出明确的使用操作指南。通常转录组测序数据可能以原始测序读段、表达矩阵或其他衍生形式提供,但该数据集实际以何种形式分发、是否需要申请访问、是否附带元数据表格等,源站未提供。使用者如需使用该数据集,应参考来源站点的具体说明。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、测序质量分数、样本排除标准、批次效应处理、数据完整性或潜在偏倚等方面的信息。因此,无法对数据集的质量水平做出判断。已知的限制包括:数据集虽然包含多种样本类型,但关于患者的临床特征(如年龄、性别、治疗状态、肿瘤分级、进展状态等)以及对照个体的匹配信息,源站未提供。此外,多发性硬化症个体作为非肿瘤对照被纳入,但其与胶质母细胞瘤比较时的适用性需谨慎考虑。由于缺乏详细的方法学描述,重复性分析和跨研究比较可能受到限制。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式、文献出处、DOI、许可协议或使用条款等信息。因此,无法说明如何正确引用该数据集,也无法明确其是否允许自由使用、再分发或商业应用。使用者应直接访问来源站点 omicsdi.org 查询相关引用和许可要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE156902

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们报告了805份血液血小板样本的RNA测序数据,其中包括从胶质母细胞瘤患者收集的240份肿瘤教育血小板(TEP)样本,以及从脑转移患者收集的126份TEP样本。此外,我们还报告了从353名无症状对照者和86名多发性硬化症个体中分离出的血液血小板的RNA测序数据。此数据集突显了基于TEP RNA的“液体活检”诊断技术在胶质母细胞瘤检测及(伪)进展监测中的能力。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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