dsRNA结合蛋白76的组织类型特异性表达及其靶mRNA的全基因组解析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-20001

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA结合蛋白伴随mRNA生命过程的每一步，并提供动态基因调控功能，以快速适应变化的细胞外或细胞内条件。RNA结合蛋白与其靶标的结合通过改变亚细胞分布、翻译后修饰或与其他蛋白的关联来调控。组织类型特异性的异构体分布和靶mRNA结合模式是RNA结合蛋白介导的转录后基因调控的主要决定因素。我们证明，双链RNA结合蛋白76（DRBP76），亦即核因子90，在正常人类中枢神经系统和胶质起源的恶性脑肿瘤中显示出本质上不同的组织类型特异性亚细胞分布。恶性胶质瘤中亚细胞定位和异构体分布的改变表明，DRBP76相关基因产物及其调控功能的肿瘤特异性变化可能促进这些肿瘤的形成和/或维持。

为了鉴定DRBP76的内源性mRNA靶标，我们在HEK293细胞中进行了RNA免疫沉淀和全基因组微阵列分析，并确定了编码细胞代谢关键功能的特定转录本类别。我们的数据表明，在中枢神经系统恶性转化过程中，DRBP76的表达、异构体分布和亚细胞定位受到严重干扰。因此，DRBP76在共转录或转录后基因调控中的作用可能促进肿瘤表型的形成。关键词：RIP-chip。收集了5个生物学重复的DRBP76免疫沉淀样本、模拟免疫沉淀样本和总mRNA样本，并使用寡核苷酸微阵列进行分析。对于每个微阵列，生物样本用Cy3标记，人类参考RNA用Cy5标记。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。