致癌代谢物2-羟基戊二酸抑制抗肿瘤免疫

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-84849

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变是胶质瘤发生的标志性特征，导致致癌代谢物R-2-羟基戊二酸（R-2-HG）的产生，据认为其通过DNA甲基化促进肿瘤发生。在此，我们发现了R-2-HG的另一项免疫抑制活性：肿瘤细胞来源的R-2-HG被T细胞摄取，在T细胞中强烈且即时地干扰钙离子和ATP依赖的信号事件以及多胺生物合成。这在实验小鼠和人类系统中导致抗原特异性T细胞活化和效应细胞因子产生的深度抑制。在一个大型WHO II级和III级胶质瘤队列中，与IDH1野生型肿瘤相比，IDH1突变肿瘤显示T细胞浸润减少。在MHC人源化小鼠中，通过单独基因消融突变IDH1的新形态酶功能，可改善对同基因IDH1突变肿瘤的自发性和诱导性突变特异性抗肿瘤免疫。综上所述，这些数据赋予了一种致癌代谢物在塑造肿瘤免疫微环境中的一种新颖的、根本上非肿瘤细胞自主的作用。我们研究了外源性R-2-HG对原代人T细胞的影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。