健康脑、原发性及放疗后复发小鼠胶质母细胞瘤的单细胞转录组图谱（10x Genomics Flex）
该数据集利用10x Genomics Flex（GEM-X）基因表达平台，对RCAS/Nestin-Tv-a系统驱动的小鼠胶质母细胞瘤进行单细胞转录组测序，涵盖原发性肿瘤、放疗后复发肿瘤以及健康脑对照，并加入靶向RCAS转录本的自定义探针
基本信息
资源简介
健康脑、原发性及放疗后复发小鼠胶质母细胞瘤的单细胞转录组图谱（10x Genomics Flex）
该数据集聚焦于小鼠胶质母细胞瘤在放疗前后及正常脑组织中的单细胞转录组特征，采用10x Genomics Flex（GEM-X）基因表达平台进行测序。研究基于RCAS/Nestin-Tv-a系统构建肿瘤模型，由hPDGFB和shTP53转基因驱动肿瘤发生，并纳入原发性肿瘤、放疗后复发肿瘤以及健康脑对照。除全基因组范围的单细胞RNA测序测量外，还使用自定义探针附加组靶向RCAS转录本，从而在探针水平提供转录信息。经过质量控制过滤后，共纳入16个样本。该数据集属于肿瘤/脑肿瘤分类，主题标签为转录组学，可为胶质母细胞瘤复发机制及微环境研究提供单细胞分辨率的数据资源。
【数据集背景】
胶质母细胞瘤是中枢神经系统最具侵袭性的肿瘤之一，放疗后复发是临床治疗中的核心难题。为在单细胞水平解析原发与复发肿瘤的转录差异，该研究利用RCAS/Nestin-Tv-a系统构建小鼠胶质母细胞瘤模型，通过hPDGFB和shTP53转基因驱动肿瘤 initiation。该模型能够模拟肿瘤发生及放疗后复发的关键过程，并设置健康脑组织作为对照，以区分肿瘤特异性转录特征与正常脑组织的基线表达。研究采用10x Genomics Flex（GEM-X）平台，结合自定义探针附加组靶向RCAS转录本，旨在同时捕获宿主基因表达与外源驱动转录本的信息。
【数据内容】
数据集包含经质量控制过滤后的16个样本，涵盖原发性肿瘤、放疗后复发肿瘤以及健康脑对照三类样本。数据为全基因组范围的单细胞RNA测序测量，分辨率达到探针水平。除常规基因表达信息外，自定义探针附加组针对RCAS转录本进行靶向检测，使研究者能够识别肿瘤模型中由RCAS系统驱动的转录本表达。样本类型覆盖健康脑、原发性胶质母细胞瘤和放疗后复发胶质母细胞瘤，为比较不同状态下的细胞组成和转录状态提供了基础。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org，分类归属于肿瘤/脑肿瘤，主题标签为转录组学。源站描述指出，研究使用RCAS/Nestin-Tv-a系统生成小鼠胶质母细胞瘤，其中hPDGFB和shTP53转基因驱动肿瘤 initiation。测序平台为10x Genomics Flex（GEM-X）基因表达平台，并配合自定义探针附加组靶向RCAS转录本。样本经质量控制过滤后共纳入16个，包括原发性肿瘤、复发肿瘤和对照脑组织。源站未提供具体的样本采集时间、地点、伦理审批信息及测序深度等细节。
【适用场景】
该数据集适用于胶质母细胞瘤放疗后复发机制的单细胞转录组研究，可用于比较原发性肿瘤、复发肿瘤与健康脑组织之间的细胞类型组成、基因表达差异及RCAS转录本表达特征。由于包含健康脑对照，也可用于识别肿瘤特异性表达模式。自定义探针靶向RCAS转录本的设计，使其适用于追踪模型系统中外源驱动转录本的研究场景。此外，该数据可支持单细胞水平的转录异质性分析、细胞状态注释以及肿瘤微环境相关探索。源站未提供具体的分析工具或下游应用案例。
【使用方法】
使用者可根据源站提供的单细胞RNA测序数据，结合10x Genomics Flex（GEM-X）平台产生的探针水平表达矩阵进行分析。由于数据包含靶向RCAS转录本的自定义探针信息，分析时需注意区分宿主基因表达与RCAS转录本信号。样本分组信息涵盖原发性肿瘤、放疗后复发肿瘤和健康脑对照，可用于组间比较。源站未提供具体的数据下载格式、预处理流程、标准化方法或代码示例，使用前需参考源站说明。
【质量与限制】
源站描述提到，样本经过质量控制过滤后共纳入16个，表明数据已进行一定程度的质控筛选。然而，源站未提供具体的质控指标、过滤标准、测序饱和度、细胞数量或基因检出数等细节。该数据集基于小鼠模型，其结果向人类胶质母细胞瘤的外推需谨慎。此外，RCAS/Nestin-Tv-a系统及hPDGFB、shTP53转基因驱动的肿瘤模型具有特定遗传背景，可能限制其普适性。源站未提供关于批次效应、生物学重复或技术重复的详细信息。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用文献、DOI、许可协议或使用条款。使用者如需引用或使用该数据，应直接访问omicsdi.org源站页面获取相关授权与引用信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-16532
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究刻画了利用RCAS/Nestin-Tv-a系统生成的鼠胶质母细胞瘤的单细胞转录图谱，其中hPDGFB和shTP53转基因驱动肿瘤发生。我们采用10x Genomics Flex (GEM-X)基因表达平台及针对RCAS转录本的定制探针附加组，对原发肿瘤、放疗后复发肿瘤以及健康脑对照进行了分析。经过质控过滤后，共纳入16个样本（原发肿瘤、复发肿瘤和对照脑）。该数据集提供了探针级分辨率的全基因组单细胞RNA测序测量结果。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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