基本信息

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基因组

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分类

创建/更新时间

2026-10-24

资源简介

H3-K27M突变弥漫性中线胶质瘤跨年龄与部位的单细胞表观基因组研究

该数据集为一项针对H3-K27M突变型弥漫性中线胶质瘤（DMG）的单细胞表观基因组研究，英文名称为“Single cell epigenomic study of H3-K27M mutant diffuse midline glioma across age and location”，在站内归入肿瘤/脑肿瘤分类，来源于omicsdi.org。组蛋白H3第27位赖氨酸至甲硫氨酸（H3-K27M）突变最常发生于儿童脑桥弥漫性中线胶质瘤，但近年来在成人DMG中也日益被识别；这些肿瘤在不同年龄和不同中线部位之间可能存在的异质性研究仍十分不足。该研究通过解析一组较全面的H3-K27M DMG患者样本的单细胞表观基因组结构，在共享驱动突变的背景下刻画年龄与解剖部位如何塑造胶质瘤细胞内在与外在特征，并利用单细胞/单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）分析了8例肿瘤的开放染色质图谱。数据集主题标签为Genomics。

【数据集背景】

H3-K27M突变是弥漫性中线胶质瘤的重要驱动事件，该突变最常出现在儿童脑桥DMG中，同时也在成人DMG中被越来越多地识别。尽管患者共享同一驱动突变，但不同年龄、不同中线解剖部位之间的肿瘤是否存在差异，此前研究十分有限。该数据集正是围绕“年龄与解剖部位如何影响H3-K27M DMG的细胞内在与外在特征”这一科学问题构建的单细胞表观基因组资源，旨在从开放染色质层面揭示共享驱动突变背景下的肿瘤异质性。

【数据内容】

该数据集的核心内容是H3-K27M突变型弥漫性中线胶质瘤的单细胞表观基因组图谱。研究采用单细胞/单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）技术，对8例肿瘤样本的开放染色质谱进行了分析，从而在单细胞分辨率上刻画染色质可及性特征。样本覆盖儿童与成人患者，并涉及不同的中线解剖部位，为比较年龄与部位相关差异提供了数据基础。数据集主题标签为Genomics，站内分类为肿瘤/脑肿瘤。

【采集与来源】

该数据集来源于omicsdi.org。其原始研究采集了H3-K27M DMG患者肿瘤样本，并利用snATAC-seq获取开放染色质图谱；研究共分析8例肿瘤。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批及处理流程等细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其单细胞表观基因组属性，该数据集适用于研究H3-K27M弥漫性中线胶质瘤中染色质可及性层面的细胞异质性，比较儿童与成人患者之间、以及不同中线部位肿瘤之间的表观基因组差异，探索共享驱动突变背景下年龄和解剖部位对胶质瘤细胞内在与外在特征的影响。同时可作为脑肿瘤表观基因组学与单细胞基因组学研究的参考数据。关于具体的下游分析类型或已验证的应用案例，源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过snATAC-seq产生单细胞开放染色质图谱，使用时应以单细胞/单核染色质可及性数据的形式进行读取与分析。关于数据文件格式、下载方式、预处理流程、分析参数及配套代码等具体使用说明，源站未提供。

【质量与限制】

该研究基于8例肿瘤样本的snATAC-seq分析，样本量有限；数据仅反映染色质可及性层面，不直接提供转录组、蛋白或临床结局信息。关于数据质量评估指标、批次效应、测序深度及覆盖度等具体质量信息，源站未提供。使用时应结合研究目的谨慎解释结果。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、原始文献信息及数据使用许可条款，源站未提供。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001007035

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001007035

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

组蛋白3赖氨酸27至甲硫氨酸（H3-K27M）突变最常发生于儿童脑桥弥漫性中线胶质瘤（DMG），但在成人DMG中也日益被认识。其在不同年龄和中线位置的潜在异质性研究极为不足。本研究通过剖析一个全面的患者H3-K27M DMG队列的单细胞表观基因组架构，阐明了在共享驱动突变背景下，年龄和解剖位置如何塑造胶质瘤细胞内在和外在特征。我们利用单细胞/细胞核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）分析了8例肿瘤的开放染色质图谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别