发育中脑单细胞图谱用于研究儿童脑肿瘤细胞起源

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001003368

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基因表达在发育过程中受到精细调控，调控失调可导致疾病。在儿童脑肿瘤（PBT）中，神经发育基因调控程序的破坏被认为是驱动肿瘤发生的原因。然而，健康发育大脑的转录景观和遗传调控过程尚未被充分表征，限制了我们对这些肿瘤的研究。我们利用单细胞RNA测序技术，构建了人类和小鼠发育中前脑与脑桥的转录组图谱，这两个区域是PBT的常见发生部位。我们将200例PBT队列的批量RNA-seq图谱投射到这些细胞类型上，随后通过单细胞分析对三种PBT亚型进行了聚焦研究：WNT型髓母细胞瘤、多层菊形团胚胎性肿瘤（ETMR）和非典型畸胎样/横纹肌样肿瘤（ATRT）。在弥漫性内生性桥脑胶质瘤（DIPG）中，我们利用原发肿瘤来源的细胞系研究了去除驱动性H3K27M突变对分化潜能的影响。

总体而言，对于WNT型髓母细胞瘤、ETMR和DIPG，我们明确指出发育程序中的分化停滞是这些肿瘤的共同病因机制，为辅助建模和治疗提供了宝贵的资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。