PRJNA96957:毛细胞型星形细胞瘤

毛细胞型星形细胞瘤(PAs)是儿童中最常见的胶质瘤。虽然许多 PAs 生长缓慢或临床惰性,但其他一些则表现出更具侵袭性的特征,伴有肿瘤复发和死亡

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基因组分类脑肿瘤毛细胞型星形细胞瘤NF1基因表达谱WHO I级儿童胶质瘤
PRJNA96957: Pilocytic astrocytoma

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-12

资源简介

PRJNA96957:毛细胞型星形细胞瘤

PRJNA96957: Pilocytic astrocytoma 是一个聚焦于毛细胞型星形细胞瘤(Pilocytic astrocytoma,PA)的基因表达数据集,来源于 ebi.ac.uk,在本站归类为肿瘤 / 脑肿瘤。毛细胞型星形细胞瘤是儿童中最常见的胶质瘤,其临床行为具有明显异质性:许多病例生长缓慢或表现为临床惰性,但也有部分病例呈现更强的侵袭性,出现肿瘤复发甚至导致死亡。该数据集通过对 41 例原发性毛细胞型星形细胞瘤样本进行基因表达谱分析,旨在寻找可能与 PA 临床行为相关的遗传特征。样本涵盖散发性病例以及神经纤维瘤病 1 型(NF1)患者中发生的 PA,为研究不同临床背景下的基因表达差异提供了数据基础。

【数据集背景】

毛细胞型星形细胞瘤是儿童中最常见的胶质瘤。尽管相当一部分 PA 生长缓慢或临床惰性,但另一些病例表现出更具侵袭性的特征,伴随肿瘤复发和死亡。这种临床行为的差异提示可能存在不同的遗传或表达特征。为了识别能够预测 PA 临床行为的遗传签名,研究者对 41 例原发性 PA 开展了基因表达谱分析。这些样本既包括散发性发生的 PA,也包括在神经纤维瘤病 1 型(NF1)患者中发生的 PA。该数据集的关键词包括 Human、WHO grade I、Brain tumor、Pilocytic astrocytoma、NF1,说明其关注的是 WHO I 级脑肿瘤中毛细胞型星形细胞瘤这一特定类型,并涉及 NF1 相关病例。

【数据内容】

该数据集的核心内容是对 41 例毛细胞型星形细胞瘤样本进行的基因表达谱分析。根据源站描述,研究并未发现能够区分临床侵袭性或复发性肿瘤与更惰性病例的表达签名。然而,研究观察到,发生于 NF1 患者的 PA 表现出独特的基因表达模式。此外,研究还鉴定出一个基因表达签名,可依据肿瘤位置对 PA 进行分层,即区分幕上(supratentorial)与幕下(infratentorial)肿瘤。总体设计说明指出,共分析了 41 例毛细胞型星形细胞瘤样本。除上述信息外,源站未提供更详细的样本临床注释、表达平台或数据文件构成说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk,数据集英文名称为 PRJNA96957: Pilocytic astrocytoma。源站描述中提及对 41 例原发性 PA 进行了基因表达谱分析,样本来自散发性病例以及 NF1 患者。关于具体的样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、测序或芯片平台、数据处理流程等,源站未提供。

【适用场景】

基于源站描述,该数据集适用于研究毛细胞型星形细胞瘤的基因表达特征,尤其是探索 NF1 相关 PA 与散发性 PA 之间可能存在的表达差异,以及依据肿瘤位置(幕上与幕下)进行分层的表达签名。由于研究未发现可区分临床侵袭性或复发性肿瘤与惰性病例的表达签名,该数据集也可用于相关阴性结果的参考或进一步验证研究。此外,该数据集涉及 WHO I 级脑肿瘤和儿童常见胶质瘤,可用于脑肿瘤分子特征研究的背景比较。但具体适用场景需结合源站未提供的完整临床信息和分析方法综合判断。

【使用方法】

源站未提供具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具说明。使用者需参考来源站 ebi.ac.uk 上该数据集对应的页面获取进一步信息。源站未提供关于如何访问、处理或分析该数据集的操作指南。

【质量与限制】

该数据集包含 41 例原发性毛细胞型星形细胞瘤样本,样本量相对有限。源站描述指出,研究未发现能够区分临床侵袭性或复发性肿瘤与更惰性病例的表达签名,这本身构成一项重要的结果限制。同时,研究识别出 NF1 相关 PA 的独特表达模式以及基于肿瘤位置的表达分层签名,但这些发现的普遍性、验证情况以及统计效能等信息,源站未提供。此外,关于样本的临床随访、治疗信息、复发定义、分子病理确认等细节,源站未提供。因此,在使用该数据集时,应充分考虑其样本量和来源描述中未覆盖的限制因素。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式、许可协议或使用条款。使用者应直接访问 ebi.ac.uk 上对应的数据集页面,以获取关于引用和许可的官方信息。源站未提供任何关于数据共享、再分发或商业使用的说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA96957

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

毛细胞型星形细胞瘤(PAs)是儿童中最常见的胶质瘤。虽然许多PAs生长缓慢或临床上呈惰性,但另一些则表现出更具侵袭性的特征,伴有肿瘤复发和死亡。为了识别可能预测PA临床行为的遗传特征,我们对41例散发性及神经纤维瘤病1型(NF1)患者的原发性PAs进行了基因表达谱分析。尽管未发现能够区分临床侵袭性或复发性肿瘤与更惰性病例的表达特征,但NF1患者的PAs确实表现出独特的基因表达模式。此外,我们还鉴定出一个按位置(幕上 versus 幕下)对PAs进行分层的基因表达特征。关键词:人类,WHO I级,脑肿瘤,毛细胞型星形细胞瘤,NF1 总体设计:分析了41份毛细胞型星形细胞瘤样本。有关额外的元数据详情,请参见下方的网络链接。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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