罕见儿童间变性多形性黄色星形细胞瘤软脑膜播散患者来源异种移植模型的建立与表征（携带CDC42SE2-BRAF融合）
为建立并表征罕见儿童胶质瘤——间变性多形性黄色星形细胞瘤的患者来源临床前模型。该模型来源于软脑膜播散部位发现的肿瘤。我们进行了多组学分析，本文件中包括RNA-seq，以评估患者来源模型（异种移植和异种细胞系）与患者原始肿瘤相比的分子保真度
基本信息
资源简介
罕见儿童间变性多形性黄色星形细胞瘤软脑膜播散患者来源异种移植模型的建立与表征（携带CDC42SE2-BRAF融合）
PRJNA879431 数据集围绕一种罕见儿童脑肿瘤——间变性多形性黄色星形细胞瘤（anaplastic pleomorphic xanthoastrocytoma，PXA）展开，该肿瘤带有 CDC42SE2-BRAF 融合。研究的核心目标是建立并表征来源于患者的临床前模型，该模型取材于软脑膜播散部位的肿瘤。为评估患者来源模型（包括异种移植和异种细胞系）与患者原始肿瘤之间的分子保真度，研究开展了多组学分析，本数据集所包含的是其中的 RNA-seq 部分。整体设计为比较基因表达谱分析，覆盖异种移植第 1 代（PDX1281）、第 2 代（PDX1282）、异种细胞系（X128）、正常人星形胶质细胞以及患者肿瘤（Pttumor）等样本。
【数据集背景】
该数据集针对的是一种罕见的儿童胶质瘤——间变性多形性黄色星形细胞瘤，且该肿瘤携带 CDC42SE2-BRAF 融合。此类肿瘤在临床前研究中的模型资源相对有限，因此建立能够反映患者肿瘤特征的模型具有重要意义。本研究的出发点是从软脑膜播散部位获取肿瘤组织，并以此为基础建立患者来源的临床前模型，包括异种移植模型和异种细胞系。通过多组学手段，尤其是 RNA-seq，研究者希望评估这些模型在分子层面是否忠实于患者原始肿瘤，从而为后续研究提供可靠的实验工具。
【数据内容】
本数据集包含 RNA-seq 数据，属于多组学分析的一部分。其整体设计为比较基因表达谱分析，涉及五类样本：异种移植第 1 代（PDX1281）、异种移植第 2 代（PDX1282）、异种细胞系（X128）、正常人星形胶质细胞以及患者肿瘤（Pttumor）。这些样本共同构成了一个用于评估分子保真度的比较框架，即通过基因表达层面的对比，考察患者来源模型与原始肿瘤之间的相似程度。数据集本身聚焦于 RNA-seq 这一层面，其他多组学内容未在本数据集中展开。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。研究材料来源于软脑膜播散部位发现的肿瘤，并由此建立了患者来源的异种移植模型和异种细胞系。患者原始肿瘤样本（Pttumor）作为比较的基准，与模型样本一同纳入 RNA-seq 分析。正常人星形胶质细胞作为对照样本也包含在分析设计中。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及患者人口学特征，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于罕见儿童脑肿瘤的临床前模型评估研究，尤其是针对间变性多形性黄色星形细胞瘤及其软脑膜播散模型。具体而言，可用于比较患者来源异种移植模型、异种细胞系与患者原始肿瘤在基因表达层面的保真度，也可用于考察不同传代（如第 1 代与第 2 代）之间表达谱的稳定性。此外，正常人星形胶质细胞的纳入使得该数据可用于对照分析。对于关注 CDC42SE2-BRAF 融合相关肿瘤的研究者，该数据集提供了 RNA-seq 层面的表达谱资源。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供更多说明。
【使用方法】
该数据集以 RNA-seq 数据形式提供，用户可通过来源站 ebi.ac.uk 获取。在分析时，可将异种移植第 1 代、第 2 代、异种细胞系与患者肿瘤样本的表达谱进行比较，以评估模型的分子保真度；正常人星形胶质细胞可作为对照参考。关于具体的下载方式、文件格式、数据处理流程、标准化方法以及分析工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 RNA-seq 比较基因表达谱分析，样本包括异种移植第 1 代、第 2 代、异种细胞系、正常人星形胶质细胞和患者肿瘤。关于测序深度、重复数量、批次效应、数据质控指标以及样本量等信息，源站未提供。该数据集仅涵盖 RNA-seq 部分，其他多组学内容未包含在内。由于针对的是罕见肿瘤，样本来源有限，相关结论的外推需谨慎。关于该数据集的具体限制和偏差，源站未提供更多说明。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，英文名称为 PRJNA879431: Establishment and characterization of patient-derived xenograft from leptomeningeal spread of a rare pediatric anaplastic pleomorphic xanthoastrocytoma (PXA) bearing a CDC42SE2-BRAF fusion。关于具体的引用格式、许可条款以及使用限制，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA879431
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
建立并表征罕见儿童胶质瘤——间变性多形性黄色星形细胞瘤的患者来源临床前模型。该模型来源于在软脑膜播散部位发现的肿瘤。我们进行了多组学分析，本文件中包括RNA测序，以评估患者来源模型（异种移植和异种细胞系）与患者原始肿瘤相比的分子保真度。总体设计：对异种移植第1代（PDX1281）和第2代（PDX1282）、异种细胞系（X128）、正常人星形胶质细胞和患者肿瘤（Pttumor）的RNA-seq数据进行比较基因表达谱分析
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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