PRJNA865354：蛋白质基因组学揭示两种不同的毛细胞型星形细胞瘤生物学亚群
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是最常见的小儿脑肿瘤，由异常的 MAPK 信号驱动，通常由 BRAF 改变介导。虽然五年总生存率超过 95%，但肿瘤复发仍是不完全切除肿瘤中的主要临床挑战，尽管采用了化疗或放疗
基本信息
资源简介
PRJNA865354：蛋白质基因组学揭示两种不同的毛细胞型星形细胞瘤生物学亚群
PRJNA865354 是一个围绕毛细胞型星形细胞瘤（Pilocytic Astrocytoma，PA）展开的蛋白质基因组学研究数据集，全称为“Proteogenomics reveals two distinct biological pilocytic astrocytoma subgroups”。该数据集聚焦于肿瘤/脑肿瘤领域，来源于 ebi.ac.uk。毛细胞型星形细胞瘤是最常见的小儿脑肿瘤，由异常的 MAPK 信号驱动，通常由 BRAF 改变介导。虽然其五年总生存率超过 95%，但肿瘤复发仍是不完全切除肿瘤中的主要临床挑战，即便采用了化疗或放疗。该研究通过蛋白质基因组学手段，整合 RNA 测序与基于 LC/MS 的蛋白质组学数据，旨在解析 PA 的生物学异质性，改进该肿瘤实体的分类，并识别新的治疗靶点。
【数据集背景】
毛细胞型星形细胞瘤是最常见的小儿脑肿瘤，其发生由异常的 MAPK 信号驱动，通常由 BRAF 改变介导。尽管五年总生存率超过 95%，但不完全切除肿瘤的复发仍构成主要临床挑战，即使采用化疗或放疗也难以完全解决。因此，研究者采用蛋白质基因组学方法，试图辨别 PA 的生物学异质性，以改进该肿瘤实体的分类并识别新的治疗靶点。该数据集正是这一研究工作的产物，其英文标题直接点明了核心发现：蛋白质基因组学揭示了两个不同的毛细胞型星形细胞瘤生物学亚组。
【数据内容】
该数据集的核心内容来自蛋白质基因组学分析，整合了 RNA 测序和基于 LC/MS 的蛋白质组学 profiling 数据。研究队列包含 58 个经确认的原发性 PA 样本。通过整合基因组学方法，研究者得以辨别 PA 的生物学异质性，并识别这些生物学亚组中异常的 pathway 激活。源站描述指出，毛细胞型星形细胞瘤可分离为两个组别，其中较年轻患者的特征在源站描述中被截断，未提供完整信息。除上述内容外，源站未提供关于数据文件类型、样本具体临床注释、蛋白质鉴定数量、RNA 表达矩阵细节等更具体的数据内容说明。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。研究采集了 58 个经确认的原发性 PA 样本，并对其进行了 RNA 测序和基于 LC/MS 的蛋白质组学 profiling。样本的采集地点、时间跨度、伦理审批信息、患者纳入排除标准等，源站未提供。数据生成的具体平台型号、LC/MS 仪器参数、RNA 测序建库方式等实验细节，源站也未提供。
【适用场景】
基于源站描述，该数据集适用于以下研究方向：解析毛细胞型星形细胞瘤的生物学异质性；改进该肿瘤实体的分类；识别 PA 中异常的 pathway 激活；以及寻找新的治疗靶点。由于研究整合了 RNA 测序与蛋白质组学数据，该数据集可用于蛋白质基因组学整合分析方法的开发与验证，也可用于探索 PA 两个生物学亚组之间的分子差异。此外，对于关注小儿脑肿瘤、MAPK 信号异常以及 BRAF 改变相关肿瘤的研究者，该数据集具有潜在参考价值。但具体适用场景的边界，源站未提供更详细的说明。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、文件格式说明、分析流程、软件工具推荐、质量控制步骤等。研究者如需使用，应参考源站提供的原始说明或相关发表文献。源站描述中仅提及采用了整合基因组学方法来辨别生物学异质性并识别异常 pathway 激活，但未给出可操作的分析步骤或代码。
【质量与限制】
该数据集基于 58 个经确认的原发性 PA 样本，样本数量在源站描述中有明确说明。研究采用了 RNA 测序和 LC/MS 蛋白质组学两种技术，属于蛋白质基因组学整合分析。然而，源站描述中关于“较年轻患者”的特征信息被截断，未能提供完整结论。此外，源站未提供关于数据质量评估指标、缺失值处理、批次效应校正、样本纯度验证、蛋白质覆盖度、RNA 测序深度等质量相关信息。该数据集是否包含复发肿瘤样本、是否涵盖不同治疗背景的患者，源站也未说明。因此，在使用该数据集时，需注意这些信息缺口可能带来的限制。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式、许可协议、使用条款或数据访问权限说明。研究者在使用前应访问 ebi.ac.uk 上的对应页面，查阅相关的引用要求与许可信息。源站描述中未提及任何关于数据共享政策、隐私保护措施或商业使用限制的内容。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA865354
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是最常见的儿童脑肿瘤，由异常MAPK信号驱动，通常由BRAF改变介导。虽然五年总生存率超过95%，但肿瘤复发仍是不完全切除肿瘤面临的主要临床挑战，尽管采用了化疗或放疗。因此，我们采用蛋白质基因组学来揭示PA的生物学异质性，以改进该肿瘤实体的分类并识别新的治疗靶点。我们的蛋白质基因组学方法整合了来自58例确诊原发性PA样本队列的RNA测序和基于LC/MS的蛋白质组学分析数据。我们进行了整合基因组学方法，以揭示PA的生物学异质性，并识别这些生物学亚组中的异常通路激活。总之，毛细胞型星形细胞瘤分为两组，其中年轻患者与第1组显著相关。重要的是，我们在两个非重叠队列中验证了这两个不同的生物学亚组。
此处观察到的生物学异质性可能有助于改进生物学分类，并揭示对不可切除、高复发或进展风险肿瘤特别有用的新型治疗靶点。总体设计：样本中的亚硫酸氢盐转化DNA与Illumina Infinium MethylationEPIC Kit芯片进行杂交。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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