PRJNA818644：ACTR5 CRISPRi敲低HepG2与U87细胞的RNA-seq和ChIP-seq
该数据集来自NCBI，包含HepG2肝癌细胞和U87胶质母细胞瘤细胞在CRISPRi敲低ACTR5后的RNA-seq基因表达谱和TST-ChIP-seq染色质靶向数据
基本信息
资源简介
PRJNA818644：ACTR5 CRISPRi敲低HepG2与U87细胞的RNA-seq和ChIP-seq
PRJNA818644 数据集来自 NCBI，聚焦 HepG2 肝癌细胞与 U87 胶质母细胞瘤细胞中 ACTR5 基因的 CRISPRi 敲低实验，同时提供 RNA-seq 基因表达谱与 TST-ChIP-seq 染色质靶向数据。该数据集可用于观察 ACTR5 敲低对上述两种肿瘤细胞转录组的影响，以及 ACTR5 在染色质上的结合定位信息，属于肿瘤与脑肿瘤相关研究数据。
【数据集背景】
该数据集围绕 ACTR5 基因在肿瘤细胞中的功能展开。实验选用 HepG2 肝癌细胞和 U87 胶质母细胞瘤细胞作为研究对象，通过 CRISPRi 技术对 ACTR5 进行敲低，以考察该基因被抑制后细胞在基因表达和染色质靶向层面发生的变化。数据集同时覆盖肝癌与胶质母细胞瘤两种肿瘤细胞背景，为在细胞水平上比较 ACTR5 的作用提供了数据基础。
【数据内容】
数据集包含两类高通量测序数据。第一类为 RNA-seq 基因表达谱数据，用于反映 dCas9-Krab 表达细胞在转导 sgiNTC 与 sgiACTR5 后的转录组差异。第二类为 TST-ChIP-seq 数据，用于报告 ACTR5 的染色质靶向情况，即对 ACTR5-TST 捕获的基因组 DNA 进行 ChIP-seq 测序。两类数据分别从基因表达和染色质结合两个层面描述 ACTR5 敲低实验的结果。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。RNA-seq 实验中，表达 dCas9-Krab 的 HepG2 和 U87 细胞分别转导 sgiNTC 与 sgiACTR5，随后使用 RNeasy Mini Kit（74104，QIAGEN）提取总 RNA，并送至 Novogene 进行 RNA-seq，测序平台为 NovoSeq6000，读长为 PE150。TST-ChIP-seq 实验中，ACTR5-TST 捕获的基因组 DNA 送至 Novogene 进行 ChIP-seq，测序平台为 NovaSeq6000，读长为 PE150。
【适用场景】
该数据集适用于研究 ACTR5 在 HepG2 肝癌细胞和 U87 胶质母细胞瘤细胞中的功能，尤其是 CRISPRi 敲低后基因表达变化与染色质靶向特征的分析。可用于比较 sgiNTC 对照与 sgiACTR5 敲低组之间的转录组差异，也可结合 TST-ChIP-seq 数据考察 ACTR5 在基因组上的定位情况。其肿瘤与脑肿瘤的分类背景使其可服务于相关肿瘤细胞模型的分子机制探索。
【使用方法】
使用时可分别处理 RNA-seq 与 TST-ChIP-seq 两类数据。RNA-seq 数据可用于比较 sgiNTC 与 sgiACTR5 条件下的基因表达谱，识别受 ACTR5 敲低影响的表达变化；TST-ChIP-seq 数据可用于分析 ACTR5-TST 捕获基因组 DNA 的染色质靶向信息。由于实验涉及 HepG2 与 U87 两种细胞系，分析时宜按细胞类型分别比较，并结合对照与敲低组的实验设计进行解读。
【质量与限制】
源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA818644
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集研究了在HepG2和U87细胞中敲低ACTR5的效果。报告了基因表达谱（RNA-seq）和ACTR5的染色质靶向（TST-ChIP-seq）。总体设计：表达dCas9-Krab的HepG2和U87细胞用sgiNTC和sgiACTR5进行转导。使用RNeasy Mini Kit（74104，QIAGEN）提取总RNA，并送至Novogene进行RNA-seq（PE150，NovoSeq6000）。TST-ChIP-seq：将ACTR5-TST捕获的基因组DNA送至Novogene进行ChIP-seq（PE150，NovaSeq6000）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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