促纤维增生性婴儿星形细胞瘤/节细胞胶质瘤低级别与高级别区域的分子特征 [RNA-seq]

促纤维增生性婴儿星形细胞瘤和节细胞胶质瘤（DIA/DIG）组织病理学的一个显著特征是低级别和高级别区域的组合。在本研究中，我们检验了DIA/DIG中低级别和高级别区域具有不同分子特征的假设

ena

医学影像分类肿瘤脑肿瘤RNA-seqDNA甲基化全外显子测序免疫组化DIA/DIG

PRJNA795049: The molecular characteristics of low-grade and high-grade areas in desmoplastic infantile astrocytoma / ganglioglioma [RNA-seq]

基本信息

模态

医学影像

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-17

资源简介

促纤维增生性婴儿星形细胞瘤/节细胞胶质瘤低级别与高级别区域的分子特征 [RNA-seq]

促纤维增生性婴儿星形细胞瘤和节细胞胶质瘤（DIA/DIG）在组织病理学上有一个显著特征，即肿瘤组织中同时存在低级别和高级别区域。本研究围绕这一现象提出并检验一个假设：DIA/DIG中的低级别区域与高级别区域可能具有不同的分子特征。为验证该假设，研究对12例DIA/DIG肿瘤中经显微切割分离的低级别和高级别区域组织样本进行了多组学分析，包括DNA甲基化谱分析、全外显子测序、RNA测序以及免疫组织化学检测。该数据集即为该研究产生的RNA-seq数据，归类于肿瘤/脑肿瘤方向，来源于ebi.ac.uk。整体而言，该数据集可用于探索DIA/DIG不同组织学级别区域在转录层面的差异，以及与之相关的分子特征。

【数据集背景】

促纤维增生性婴儿星形细胞瘤和节细胞胶质瘤（DIA/DIG）的组织病理学具有一个突出特点，即低级别区域和高级别区域并存。这种形态学上的差异是否对应分子层面的差异，是该研究关注的核心问题。研究据此提出假设：DIA/DIG中的低级别区域和高级别区域具有不同的分子特征。该数据集作为该研究的一部分，聚焦于RNA测序层面，用于从转录水平观察和比较这两类区域。该数据集的英文名称为PRJNA795049: The molecular characteristics of low-grade and high-grade areas in desmoplastic infantile astrocytoma / ganglioglioma [RNA-seq]，本站分类为肿瘤/脑肿瘤，来源站为ebi.ac.uk。

【数据内容】

该数据集属于RNA-seq数据。根据源站描述，研究对来自12例DIA/DIG肿瘤中经显微切割分离的低级别和高级别区域的组织样本进行了分析，所采用的技术手段包括DNA甲基化谱分析、全外显子测序、RNA测序和免疫组织化学。该数据集对应其中的RNA测序部分。研究还报告，肿瘤之间以及两种形态学上不同区域之间的拷贝数变异并不常见；在整个肿瘤系列中未发现反复出现的遗传改变；高级别区域也没有额外的遗传改变足以解释其独特的形态学或生物学行为。此外，高级别区域在转录因子SOX9下游基因中表现出相对低甲基化。以上信息来自源站描述，涉及RNA-seq数据的具体样本量、测序平台、读长、表达矩阵内容等，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为ebi.ac.uk。源站描述显示，样本来自12例DIA/DIG肿瘤中经显微切割分离的低级别和高级别区域组织。研究对这些组织样本开展了DNA甲基化谱分析、全外显子测序、RNA测序和免疫组织化学。该数据集对应RNA-seq部分。关于样本采集的具体时间、地点、机构、伦理审批信息、患者人口学信息以及样本处理流程等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于围绕DIA/DIG中低级别与高级别区域分子特征差异的探索性分析，尤其是从RNA测序层面考察两类区域转录特征的研究。由于研究背景涉及DNA甲基化、全外显子测序和免疫组织化学等多组学手段，该RNA-seq数据也可作为多组学整合分析的组成部分，用于与甲基化、突变或蛋白表达层面的发现相互参照。此外，该数据集可用于脑肿瘤尤其是DIA/DIG相关分子病理特征的比较研究。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

该数据集为RNA-seq数据，来源于ebi.ac.uk。使用者可根据来源站提供的访问方式获取数据，并围绕低级别区域与高级别区域的比较开展转录层面分析。由于源站描述提到研究同时使用了DNA甲基化谱分析、全外显子测序、RNA测序和免疫组织化学，使用该RNA-seq数据时可结合同一研究中的其他数据类型进行联合分析。关于具体的下载地址、文件格式、数据处理流程、分析工具和参数设置等，源站未提供。

【质量与限制】

源站描述指出，肿瘤之间以及两种形态学不同区域之间的拷贝数变异并不常见；在整个肿瘤系列中未发现反复出现的遗传改变；高级别区域也没有额外的遗传改变足以解释其独特形态学或生物学行为。这些结果提示，在解释低级别与高级别区域差异时，需要结合其他分子层面信息。该数据集基于12例DIA/DIG肿瘤样本，样本量有限。关于该RNA-seq数据本身的质量指标、测序深度、覆盖度、批次效应、数据完整性以及其它技术限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为ebi.ac.uk。关于该数据集的正式引用文献、作者列表、发表期刊、DOI、数据许可协议以及使用条款等，源站未提供。

原始链接

https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA795049

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA795049

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

促纤维增生性婴儿星形细胞瘤和神经节胶质瘤（DIA/DIGs）组织病理学的一个显著特征是低级别和高级别区域的组合。在本研究中，我们检验了DIA/DIGs中低级别和高级别区域具有不同分子特征的假设。通过DNA甲基化组分析、全外显子组测序、RNA测序和免疫组织化学，对12例DIA/DIGs中显微切割的低级别和高级别区域的组织样本进行了分析。肿瘤之间以及两种形态学上不同区域之间的拷贝数变异不常见。在整个肿瘤系列中未发现复发性遗传改变，且高级别区域没有额外的遗传改变来解释其独特的形态学或生物学行为。然而，高级别区域在转录因子SOX9和LEF1下游基因中表现出相对低甲基化，并有核心SOX9转录网络的证据，同时伴有BMP、WNT和MAPK信号通路的激活。

本研究增进了我们对DIA/DIGs中分子遗传改变的认识，揭示了这些肿瘤中两种不同细胞群体之间的分子差异，并提示了DIA/DIGs中更具增殖性的细胞群体中的潜在治疗靶点。总体设计：对12例DIA/DIG FFPE样本的显微切割低级别和高级别区域进行RNA-seq。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别