PRJNA793884：促纤维增生性婴儿星形细胞瘤/节细胞胶质瘤低级别与高级别区域的分子特征
促纤维增生性婴儿星形细胞瘤和节细胞胶质瘤（DIA/DIGs）组织病理学的一个显著特征是低级别和高级别区域的组合。在本研究中，我们检验了DIA/DIGs中低级别和高级别区域具有不同分子特征的假设
基本信息
资源简介
PRJNA793884：促纤维增生性婴儿星形细胞瘤/节细胞胶质瘤低级别与高级别区域的分子特征
促纤维增生性婴儿星形细胞瘤和节细胞胶质瘤（DIA/DIGs）在组织病理学上具有一个显著特征，即肿瘤组织中同时存在低级别区域和高级别区域。本研究围绕一个核心假设展开：DIA/DIGs中的低级别区域与高级别区域是否具有不同的分子特征。为回答这一问题，研究对12例DIA/DIGs中经显微切割分离的低级别与高级别区域组织样本进行了多组学分析，包括DNA甲基化组谱分析、全外显子测序、RNA测序以及免疫组织化学检测。该数据集对应的英文名称为PRJNA793884: The molecular characteristics of low-grade and high-grade areas in desmoplastic infantile astrocytoma / ganglioglioma，在来源站ebi.ac.uk中归类于肿瘤/脑肿瘤方向。
【数据集背景】
促纤维增生性婴儿星形细胞瘤和节细胞胶质瘤（DIA/DIGs）是一类在组织病理学上具有鲜明特点的肿瘤，其显著特征是低级别区域与高级别区域在同一肿瘤内并存。这种形态学上的异质性引发了对其生物学本质的探讨：两种区域是否在分子层面存在差异，以及高级别区域的形态与生物学行为是否由额外的遗传改变所驱动。本研究正是针对这一背景，提出并检验“DIA/DIGs中低级别和高级别区域具有不同分子特征”的假设，试图从分子层面解释同一肿瘤内两种形态区域并存的现象。
【数据内容】
该数据集围绕12例DIA/DIGs展开，样本来自经显微切割分离的低级别区域和高级别区域。所涉及的检测手段包括DNA甲基化组谱分析、全外显子测序、RNA测序和免疫组织化学。研究结果显示，肿瘤之间以及两种形态学上截然不同的区域之间，拷贝数变异均不常见。在整个肿瘤系列中未发现反复出现的遗传改变，高级别区域也没有额外的遗传改变足以解释其独特的形态或生物学行为。不过，高级别区域在转录因子SOX9下游基因上表现出相对低甲基化。
【采集与来源】
数据来源于ebi.ac.uk。样本为12例DIA/DIGs中经显微切割获得的低级别和高级别区域组织。检测方法涵盖DNA甲基化组谱分析、全外显子测序、RNA测序和免疫组织化学。其余采集细节，如具体采样时间、地点、机构及伦理审批信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究DIA/DIGs中低级别与高级别区域分子特征的差异，可用于探索肿瘤内形态学异质性的分子基础，也可用于分析拷贝数变异、遗传改变以及DNA甲基化模式在肿瘤不同区域间的分布。此外，该数据集还可用于关注SOX9下游基因甲基化状态与高级别区域形态及生物学行为之间关系的研究。其他具体应用场景源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。
【质量与限制】
研究显示，肿瘤之间及两种形态区域之间拷贝数变异不常见，且未发现反复出现的遗传改变，高级别区域亦无额外遗传改变可解释其形态或生物学行为。这些结果构成了对该数据集解读的重要背景。其余关于数据质量评估、样本量代表性、技术偏差等方面的限制，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA793884
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
促纤维增生性婴儿星形细胞瘤和神经节胶质瘤（DIA/DIGs）组织病理学的一个显著特征是低级别和高级别区域的组合。在本研究中，我们检验了DIA/DIGs中低级别和高级别区域具有不同分子特征的假设。通过DNA甲基化组分析、全外显子组测序、RNA测序和免疫组织化学，对12例DIA/DIGs中显微切割的低级别和高级别区域的组织样本进行了分析。肿瘤之间以及两种形态学上不同区域之间的拷贝数变异不常见。在整个肿瘤系列中未发现复发性遗传改变，且高级别区域没有额外的遗传改变来解释其独特的形态学或生物学行为。然而，高级别区域在转录因子SOX9和LEF1下游基因中表现出相对低甲基化，并有核心SOX9转录网络的证据，同时伴有BMP、WNT和MAPK信号通路的激活。
本研究增进了我们对DIA/DIGs分子遗传改变的认识，揭示了这类肿瘤中两种不同细胞群体间的分子差异，并提示了DIA/DIGs中增殖性更强的细胞群体潜在的治療靶点。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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