PRJNA749125：CD4T与CD8T初始和记忆细胞验证数据集：用于外周血解卷积的增强型DNA甲基化文库

该数据集来自NCBI，属于肿瘤/脑肿瘤分类下的表观基因组学资源，围绕外周血DNA甲基化解卷积展开。其核心是扩展基于Illumina HumanMethylationEPIC阵列的参考文库，覆盖12种白细胞亚型，并采用IDOL算法筛选出包含1200个CpG位点的优化文库

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基因组回归Epigenomics

PRJNA749125: CD4T and CD8T naïve and memory validation dataset: An Enhanced DNA Methylation Library for Deconvoluting Peripheral Blood

基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA749125：CD4T与CD8T初始和记忆细胞验证数据集：用于外周血解卷积的增强型DNA甲基化文库

该数据集来自NCBI，属于肿瘤/脑肿瘤分类下的表观基因组学资源，围绕外周血DNA甲基化解卷积展开。其核心是扩展基于Illumina HumanMethylationEPIC阵列的参考文库，覆盖12种白细胞亚型，并采用IDOL算法筛选出包含1200个CpG位点的优化文库。数据可用于评估血液DNA甲基化数据的细胞类型组成解卷积准确性，借助已知细胞组成的人工混合物及同时具备全血DNA甲基化数据和FACS信息的样本进行验证（来源 ncbi.nlm.nih.gov）。

【数据内容】

源站描述（机器翻译，仅供参考）：DNA甲基化微阵列已被广泛用于理解复杂组织样本中的细胞类型组成。在此，我们扩展了现有的文库，用于对使用Illumina HumanMethylationEPIC阵列检测的血液DNA甲基化数据进行基于参考的解卷积，以纳入12种不同的白细胞亚型（中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞、单核细胞、初始和记忆B细胞、CD4+和CD8+初始和记忆细胞、自然杀伤细胞以及T调节细胞）。应用IDOL算法识别用于血液来源DNA甲基化数据解卷积的最佳文库，得到一个由1200个CpG组成的文库。使用具有已知细胞组成的人工混合物以及在同时具备全血DNA甲基化数据和FACS信息的样本中，评估了使用我们的IDOL优化文库获得的解卷积估计的准确性。我们进一步

【主题与分类】

主题标签：Epigenomics。本站分类：肿瘤/脑肿瘤。

【获取与许可】

源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA749125

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE180683

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- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

DNA甲基化微阵列已被广泛用于理解复杂组织样本中的细胞类型组成。在此，我们扩展了现有的参考库，用于对使用Illumina HumanMethylationEPIC阵列检测的血液DNA甲基化数据进行基于参考的解卷积，以包括12种不同的白细胞亚型（中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞、单核细胞、初始和记忆B细胞、初始和记忆CD4+和CD8+细胞、自然杀伤细胞以及T调节细胞）。应用IDOL算法识别用于血液来源DNA甲基化数据解卷积的最佳文库，得到一个由1200个CpG组成的文库。使用具有已知细胞组成的人工混合物以及在同时具备全血DNA甲基化数据和FACS信息的样本中，评估了使用我们经IDOL优化的文库获得的解卷积估计的准确性。我们进一步利用公开可用的癌症、衰老和自身免疫性疾病数据集展示了我们扩展文库的潜在应用。

总体设计：来自76名处于不同治疗阶段的胶质瘤患者的亚硫酸氢盐转化DNA，包括T细胞CD4+和CD8+初始及记忆细胞的FCM信息，被杂交至Illumina Infinium HumanMethylationEPIC Beadchip v1.0_B4芯片上。