三个胶质母细胞瘤队列的甲基化组分析揭示DDR基因中的化疗敏感性标志物[海德堡队列第2部分]

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三个胶质母细胞瘤队列的甲基化组分析揭示DDR基因中的化疗敏感性标志物[海德堡队列第2部分]

PRJNA601831 是来自 Heidelberg 神经肿瘤中心的一组甲基化数据集，属于“Methylome analyses of three glioblastoma cohorts reveal chemotherapy sensitivity markers within DDR genes”研究中的 Heidelberg 队列第 2 部分。该数据集收录了 18 例弥漫性 IDH 野生型胶质瘤患者的 Illumina 450k/EPIC 阵列甲基化文件，样本类型为 FFPE 组织，检测平台为 Illumina 450k 甲基化阵列。该数据集在站内归类于肿瘤 / 脑肿瘤，主题标签为 Epigenomics，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，该数据集聚焦于胶质母细胞瘤的 DNA 甲基化谱，可用于探索与化疗敏感性相关的 DDR 基因甲基化标志物，并为脑肿瘤表观遗传学研究提供原始数据支持。

【数据集背景】

该数据集属于一项针对三个胶质母细胞瘤队列的甲基化分析研究，具体为 Heidelberg 队列的第 2 部分。研究关注化疗敏感性标志物，尤其是 DDR 基因范围内的甲基化特征。数据集来源于 Heidelberg 神经肿瘤中心，研究对象为弥漫性 IDH 野生型胶质瘤患者。根据源站描述，该数据集仅包含未获得 GBM MES、GBM RTK I 或 GBM RTK II 分类器归属的样本；其他样本可参见 GSE122994。这一背景说明该数据集在整体研究设计中承担特定样本子集的角色，而非全部 Heidelberg 队列样本。

【数据内容】

数据集包含 18 例弥漫性 IDH 野生型胶质瘤患者的 Illumina 450k/EPIC 阵列甲基化文件。源站描述进一步指出，FFPE 组织来自 18 例胶质母细胞瘤患者，并采用 Illumina 450k 甲基化阵列进行分析。主题标签为 Epigenomics，表明数据核心为表观基因组学层面的甲基化信息。该数据集在站内分类为肿瘤 / 脑肿瘤，说明其应用领域集中于脑肿瘤相关研究。关于具体探针数量、甲基化 beta 值矩阵、样本临床注释字段、生存信息、治疗信息等内容，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov，原始描述指出样本来自 Heidelberg 神经肿瘤中心。样本类型为 FFPE 组织，取自 18 例胶质母细胞瘤患者。检测平台为 Illumina 450k 甲基化阵列，源站描述中也提及 Illumina 450k/EPIC 阵列甲基化文件。关于伦理审批、知情同意、样本采集时间、患者纳入排除标准、中心编号、实验批次、扫描日期等具体采集信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于脑肿瘤表观遗传学研究，尤其是胶质母细胞瘤或弥漫性 IDH 野生型胶质瘤的 DNA 甲基化分析。由于研究主题涉及 DDR 基因内的化疗敏感性标志物，该数据可用于探索甲基化模式与化疗敏感性之间的潜在关联。此外，该数据集可用于甲基化分类器研究中的样本补充，特别是针对未归入 GBM MES、GBM RTK I 或 GBM RTK II 分类的样本。也可作为 Heidelberg 队列第 2 部分的独立数据资源，用于表观基因组学方法验证或与其他胶质母细胞瘤队列进行整合分析。关于具体分析软件、统计方法、验证实验、临床终点等适用细节，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 Illumina 450k/EPIC 阵列甲基化文件形式提供，用户可根据源站提供的下载方式获取数据。使用时可结合 Illumina 450k 甲基化阵列的标准分析流程进行预处理、归一化和甲基化水平计算。由于样本为 FFPE 组织，分析时需考虑 FFPE 样本可能带来的技术影响。该数据集仅包含未归入 GBM MES、GBM RTK I 或 GBM RTK II 分类的样本，因此在使用分类器或进行队列比较时，应注意其样本子集属性。关于具体下载链接、文件格式、参考基因组版本、归一化方法、代码示例等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集样本量为 18 例，属于特定队列的第 2 部分，且仅包含未获得 GBM MES、GBM RTK I 或 GBM RTK II 分类器归属的样本，因此不能代表 Heidelberg 队列的全部样本。样本类型为 FFPE 组织，可能对甲基化数据质量产生影响。数据基于 Illumina 450k 甲基化阵列，源站描述中也提及 EPIC 阵列，但具体平台版本和探针覆盖范围需以源站记录为准。关于数据完整性、缺失值比例、批次效应、质控指标、重复样本、技术验证等质量信息，源站未提供。该数据集不包含其他样本的分类信息，相关样本需参考 GSE122994。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，具体引用方式、许可协议、使用限制、数据访问权限、发表要求等信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应遵循源站的相关规定，并参考原始研究发表信息。关于是否允许商业使用、是否需要额外授权、是否涉及隐私限制等，源站未提供。