儿童毛细胞型星形细胞瘤microRNA表达谱与非肿瘤性白质对比研究
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是儿童期常见的低级别肿瘤。PA以生长缓慢和预后相对良好为特征。MAPK激活、BRAF基因失调和1型神经纤维瘤病（NF1）综合征等遗传机制已被认为与PA发生相关
基本信息
资源简介
儿童毛细胞型星形细胞瘤microRNA表达谱与非肿瘤性白质对比研究
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是儿童期常见的低级别肿瘤，以生长缓慢和预后相对良好为特征。MAPK激活、BRAF基因失调和1型神经纤维瘤病（NF1）综合征等遗传机制已被认为与PA发生相关。表观遗传特征和miRNA表达谱正在为包括PA在内的不同类型肿瘤提供新的认识。该数据集围绕儿童毛细胞型星形细胞瘤的microRNA表达谱展开，并将其与非肿瘤性脑白质样本进行比较，识别出两种肿瘤特异性特征。数据集来源于ebi.ac.uk，归类于肿瘤/脑肿瘤方向，可为研究PA的分子特征提供转录后调控层面的数据支持。
【数据集背景】
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是一种儿童期常见的低级别肿瘤，其特点是生长缓慢且预后相对良好。在遗传机制方面，MAPK激活、BRAF基因失调以及1型神经纤维瘤病（NF1）综合征已被认为与PA的发生相关。除遗传机制外，表观遗传特征和miRNA表达谱也为理解不同类型肿瘤（包括PA）提供了新的视角。该数据集正是在这一背景下，针对儿童PA的全局miRNA表达进行检测，并与非肿瘤性脑白质进行比较，以期发现肿瘤特异性的miRNA表达特征。
【数据内容】
该数据集的核心内容是儿童毛细胞型星形细胞瘤的microRNA表达谱。研究对16例显微切割的儿童PA标本、3例NF1相关PA以及11例脑白质（WM）样本，采用微阵列方法进行了全局miRNA表达评估。此外，还使用一个包含20例PA的额外队列，通过qRT-PCR对微阵列数据中差异表达的六个miRNA进行了验证。无监督层次聚类分析区分出一个包含9例PA的聚类，其中包括所有NF1病例，以及第二个分组。数据集英文名称为“PRJNA557690: MicroRNA profile of pediatric pilocytic astrocytomas identifies two tumor-specific signatures when compared to non-neoplastic white matter”，表明其重点在于识别与非肿瘤性脑白质相比的两种肿瘤特异性特征。
【采集与来源】
该数据集来源于ebi.ac.uk。样本类型包括儿童PA标本、NF1相关PA标本以及脑白质样本。检测方法包括微阵列方法和qRT-PCR验证。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及更详细的临床元数据，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究儿童毛细胞型星形细胞瘤的miRNA表达特征，可用于探索PA与非肿瘤性脑白质之间的分子差异，识别肿瘤特异性miRNA签名。也可用于比较NF1相关PA与散发性PA在miRNA表达层面的异同，或为PA的分子分型、生物标志物筛选及后续功能研究提供数据基础。此外，该数据集可用于方法学参考，例如微阵列发现与qRT-PCR验证相结合的研究设计。
【使用方法】
该数据集可通过来源站ebi.ac.uk获取。具体的数据下载方式、文件格式、数据处理流程、分析工具及参数设置等信息，源站未提供。使用者可根据自身研究目的，参考原始研究中采用的微阵列和qRT-PCR方法进行数据再利用，但需注意数据的具体访问与使用条件应以来源站说明为准。
【质量与限制】
该数据集基于微阵列方法进行全局miRNA表达检测，并利用独立队列通过qRT-PCR对六个差异表达miRNA进行验证，研究设计包含发现与验证两个阶段。无监督层次聚类分析能够区分出包含9例PA（包括所有NF1病例）的聚类以及第二个分组。然而，关于样本的详细临床信息、数据质量控制指标、批次效应处理、缺失值情况以及潜在混杂因素等，源站未提供。此外，该数据集仅涉及儿童PA、NF1相关PA和脑白质样本，样本类型和数量有限，结论的外推需谨慎。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及版权信息，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时，应查阅来源站ebi.ac.uk的相关说明，并遵循其规定的引用与许可要求。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA557690
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是一种常见于儿童期的低级别肿瘤。PA以生长缓慢和预后相对良好为特征。MAPK激活、BRAF基因失调以及神经纤维瘤病1型（NF1）综合征等遗传机制与PA的发生有关。表观遗传特征和miRNA表达谱正在为包括PA在内的不同类型肿瘤提供新的见解。在本研究中，我们通过微阵列方法评估了16例显微切割的儿童PA标本、3例NF1相关PA和11例脑白质（WM）样本中的整体miRNA表达。另使用一个包含20例PA的队列，通过qRT-PCR验证微阵列数据中6个差异表达miRNA的表达。无监督层次聚类分析区分出一个包含9例PA的聚类（其中包括所有NF1病例），以及第二个由WM样本和7例PA组成的组。
在毛细胞型星形细胞瘤（PAs）与白质（WM）样本之间88个差异表达的miRNA中，表达下调最显著的miRNA调控着肿瘤发生的经典途径，而表达上调最显著的miRNA则与黏着斑、P53信号通路及胶质瘤发生等途径相关。PAs/NF1呈现出一组表达下调的miRNA，这也与癌症中已知的失调途径如细胞周期和Hippo通路有关。总之，我们的数据表明，PA至少具有两种不同的miRNA特征，其中包括一个NF1/PA病变患者亚组。总体设计：为了识别与毛细胞型星形细胞瘤相关的miRNA特征，我们通过miRNA微阵列技术，评估了一组PAs（包括三例发生于NF-1患者的PAs队列）相较于白质（WM）样本的miRNA表达谱。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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