BRAF重排毛细胞型星形细胞瘤单细胞RNA测序
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是最常见的儿童脑肿瘤，是一种低级别胶质瘤，由单一驱动性BRAF重排引起。在此，我们对六个PA进行了scRNAseq，所用方法能够检测该重排
基本信息
资源简介
BRAF重排毛细胞型星形细胞瘤单细胞RNA测序
PRJNA551047 数据集收录了针对BRAF重排毛细胞型星形细胞瘤（Pilocytic Astrocytoma, PA）的单细胞RNA测序数据。毛细胞型星形细胞瘤是最常见的儿童脑肿瘤，属于低级别胶质瘤，通常由单一的驱动性BRAF重排引起。该数据集通过对六个PA样本进行scRNAseq，并采用能够检测该重排的方法，为研究PA的细胞组成、分化状态及信号通路特征提供了单细胞层面的数据基础。源站描述指出，与高级别胶质瘤相比，PA癌细胞中表现出分化、星形细胞样表型的比例显著更高；较小比例细胞呈现祖细胞样表型并具有增殖证据，且表达高级别胶质瘤中缺失的MAPK程序。免疫细胞，尤其是小胶质细胞，占PA全部细胞的40%，并解释了肿瘤位置和亚型之间批量表达谱的差异。这些数据表明MAPK信号局限于PA中相对未分化的癌细胞，对研究性治疗具有潜在意义。
【数据集背景】
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是最常见的儿童脑肿瘤，是一种低级别胶质瘤，由单一驱动性BRAF重排引起。该数据集聚焦于这一肿瘤类型，旨在通过单细胞RNA测序手段，在能够检测BRAF重排的方法条件下，对六个PA样本进行scRNAseq分析。源站描述强调，与高级别胶质瘤相比，PA癌细胞在分化状态和信号通路激活方面表现出显著差异，这构成了该数据集产生的主要背景。
【数据内容】
该数据集为单细胞RNA测序数据，来源于六个毛细胞型星形细胞瘤样本。源站描述指出，分析中采用了能够检测BRAF重排的方法。数据内容涉及PA癌细胞的表型组成：与高级别胶质瘤相比，PA癌细胞中表现出分化、星形细胞样表型的比例显著更高；较小比例的细胞呈现祖细胞样表型，并具有增殖证据。这些祖细胞样细胞表达一种MAPK程序，而该程序在高级别胶质瘤中缺失。此外，免疫细胞，尤其是小胶质细胞，占PA全部细胞的40%，并解释了肿瘤位置和亚型之间批量表达谱的差异。源站描述还指出，MAPK信号局限于PA中相对未分化的癌细胞。
【采集与来源】
该数据集的来源站为ebi.ac.uk。数据集英文名称为“PRJNA551047: Single cell RNA-seq of BRAF-rearranged pilocytic astrocytomas”。本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及测序平台等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究毛细胞型星形细胞瘤的细胞异质性、分化状态、祖细胞样细胞群及其增殖特征，以及MAPK信号在PA癌细胞中的分布。源站描述提示，这些数据对研究性治疗具有潜在意义，因此可用于探索与MAPK信号相关的治疗靶点或机制研究。此外，由于免疫细胞尤其是小胶质细胞占PA全部细胞的40%，并解释肿瘤位置和亚型之间的批量表达差异，该数据集也可用于分析PA肿瘤微环境中的免疫细胞组成及其与肿瘤位置、亚型的关系。与高级别胶质瘤的比较分析也是该数据集的适用方向之一。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、分析流程、软件工具或代码等。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量、测序深度、细胞数量、批次效应或技术限制的具体信息。源站描述中提及的结论基于六个PA样本，但未说明样本量是否足以推广至所有PA亚型或患者群体。此外，源站未提供数据质量控制指标或验证实验结果。
【引用与许可】
源站未提供引用方式、许可协议或使用条款的具体信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA551047
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是儿童最常见的脑肿瘤，是一种低级别胶质瘤，由单一驱动性BRAF重排所致。在此，我们采用能够检测该重排的方法，对6例PA进行了单细胞RNA测序（scRNAseq）。与高级别胶质瘤相比，PA肿瘤细胞中表现出分化星形胶质细胞样表型的比例显著更高。较小比例的细胞表现出祖细胞样表型，并具有增殖的证据。这些细胞表达一种丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）程序，而该程序在高级别胶质瘤中不存在。免疫细胞，尤其是小胶质细胞，占PA所有细胞的40%，并解释了肿瘤部位和亚型之间批量表达谱的差异。这些数据表明，在PA中MAPK信号仅限于相对未分化的肿瘤细胞，这对针对该通路的试验性治疗具有意义。请注意，Sequence中1234个样本中有931个……（更多内容请参见dbGaP研究页面。）
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
