PRJNA508361：大鼠小胶质细胞炎症或促侵袭极化下的开放染色质图谱

该数据集为 NCBI BioProject 项目 PRJNA508361，主题标签为 Epigenomics，聚焦大鼠小胶质细胞在炎症极化或促侵袭极化条件下的开放染色质景观

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时间序列分类Epigenomics

PRJNA508361: Open chromatin landscape of rat microglia upon inflammatory or pro-invasive polarization

基本信息

模态

时间序列

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA508361：大鼠小胶质细胞炎症或促侵袭极化下的开放染色质图谱

PRJNA508361 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学项目，其英文名称为“Open chromatin landscape of rat microglia upon inflammatory or pro-invasive polarization”，中文可理解为大鼠小胶质细胞在炎症极化或促侵袭极化条件下的开放染色质景观。该项目的主题标签为 Epigenomics（表观基因组学），在本地分类中归属于肿瘤 / 脑肿瘤方向。项目聚焦于大鼠小胶质细胞在两种不同极化状态下的开放染色质特征，旨在为相关研究提供可检索、可关联的数据入口。BioProject 作为生物数据的集合记录，将同一项研究计划所产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找与访问。

【数据集背景】

小胶质细胞是中枢神经系统中的固有免疫细胞，其在不同微环境刺激下可呈现不同的极化状态。本项目关注两种极化条件：炎症极化与促侵袭极化。炎症极化通常与免疫激活和炎症反应相关，而促侵袭极化则可能涉及细胞外基质降解、组织侵袭等过程。在肿瘤 / 脑肿瘤的研究背景下，理解小胶质细胞在促侵袭极化条件下的表观遗传变化，有助于揭示其在脑肿瘤微环境中的潜在作用。开放染色质景观反映了染色质上可被调控因子访问的区域，是研究基因表达调控的重要层面。该项目以表观基因组学为主题标签，正是从染色质开放性的角度切入，探索大鼠小胶质细胞在特定极化状态下的调控特征。

【数据内容】

该项目为 NCBI BioProject 项目，编号 PRJNA508361。BioProject 记录本身并不直接存储所有原始数据，而是提供指向该项目所生成的各种数据类型的链接。根据项目名称，其核心内容涉及大鼠小胶质细胞在炎症极化或促侵袭极化条件下的开放染色质景观。开放染色质数据通常用于鉴定启动子、增强子等调控元件，并可用于比较不同极化状态之间的染色质可及性差异。该项目的主题标签为 Epigenomics，表明其数据属于表观基因组学范畴。关于具体的数据类型、样本数量、测序平台、数据量等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。源站描述指出，BioProject 是来源于单一组织或联盟、与单一研究计划相关的生物数据集合，其记录为用户提供一个集中查找该项目所生成多种数据类型链接的场所。因此，PRJNA508361 作为 BioProject 记录，其采集与来源信息应通过 NCBI BioProject 页面获取。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息以及实验操作流程等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于表观基因组学相关研究，尤其是关注大鼠小胶质细胞极化状态的科研人员。在肿瘤 / 脑肿瘤领域，研究者可能利用该数据探索小胶质细胞在炎症极化与促侵袭极化之间的染色质调控差异，进而分析这些差异与基因表达、信号通路以及细胞功能之间的关联。此外，该数据也可用于与其他物种或细胞类型的开放染色质数据进行比较分析，或作为方法学研究的参考数据集。对于希望了解 BioProject 如何组织多类型数据链接的用户，该项目也可作为一个示例。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问编号 PRJNA508361 的记录页面。在该页面中，用户可以找到指向该项目所生成的各种数据类型的链接，进而下载或浏览相关数据。由于 BioProject 本身是数据集合的入口，具体的数据分析需要结合项目所链接的原始数据或处理后数据。关于数据下载的具体格式、分析工具、参数设置等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共数据库记录。其质量与限制取决于原始研究的设计、实验操作和数据处理流程。由于源站描述仅提供了 BioProject 的一般性说明，未涉及该项目的具体质量控制指标、数据完整性评估或已知偏差。关于样本量、重复数、测序深度、数据过滤标准等信息，源站未提供。用户在使用时应参考项目关联的原始文献或数据说明，以评估其适用性。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该项目的具体引用方式、许可条款或使用限制，源站未提供。用户在使用该数据时，应遵循 NCBI 数据库的一般使用政策，并查阅项目页面或相关文献以获取准确的引用信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE123328

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA508361

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小胶质细胞是脑内驻留的髓系细胞，在健康和脑部病理过程中发挥重要作用。虽然已有关于活化小鼠小胶质细胞染色质可及性的数据，但尚无针对受到不同刺激的大鼠小胶质细胞的相关数据。在此，我们报告了一套全面、可重复、经FDR控制的大鼠小胶质细胞DNase超敏（DHS）开放染色质区域数据集。我们比较了未处理的原代小胶质细胞培养物与分别用脂多糖（LPS）或胶质瘤条件培养基（GCM）刺激6小时的培养物的开放染色质景观。胶质瘤分泌因子诱导小胶质细胞向促侵袭和免疫抑制表型活化，在此状态下这些细胞促进肿瘤生长。大鼠小胶质细胞的开放染色质景观由126，640个可重复的DHS区域组成，其中分别有12，357个和2，303个区域在LPS和GCM刺激后开放性发生显著变化。活跃基因具有组成型开放的启动子，但基因附近DHS区域的累积开放性与该基因的表达之间没有直接依赖关系。

LPS调控的DHS区域在内含子中更为常见，而GCM调控的区域则更常远离基因体。GCM和LPS处理对映射到Toll样受体信号通路和轴突导向通路中基因的开放染色质区域产生了不同的影响，这表明迁移性小胶质细胞所使用的分子机制与生长中的轴突相似，而且，对这些通路的调节对于胶质瘤诱导小胶质细胞向促侵袭性极化具有重要作用。我们在大鼠小胶质细胞中活跃的开放染色质区域数据集将为该系统中转录调控的研究提供有用的资源。总体设计：从新生大鼠中分离出的小胶质细胞在细胞培养中维持，或保持未处理（对照组），或用脂多糖（LPS）或C6胶质瘤条件培养基（GCM）刺激6小时。两个独立

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别