染色质景观揭示胶质母细胞瘤发育编码转录状态 [ChIP-Seq]

数据基于 ChIP-Seq 技术，围绕染色质景观与胶质母细胞瘤发育相关转录状态展开。可用于研究胶质母细胞瘤的表观遗传特征、染色质状态与转录调控关系，支撑脑肿瘤分子分型及相关机制探索（来源 NCBI）

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基因组分类Epigenomics

PRJNA490592: CHROMATIN LANDSCAPES REVEAL DEVELOPMENTALLY ENCODED TRANSCRIPTIONAL STATES THAT DEFINE GLIOBLASTOMA [ChIP-Seq]

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

染色质景观揭示胶质母细胞瘤发育编码转录状态 [ChIP-Seq]

PRJNA490592 是一个以 ChIP-Seq 技术为核心的生物项目数据集，英文全称为 CHROMATIN LANDSCAPES REVEAL DEVELOPMENTALLY ENCODED TRANSCRIPTIONAL STATES THAT DEFINE GLIOBLASTOMA [ChIP-Seq]。该数据集聚焦于染色质景观与胶质母细胞瘤发育相关转录状态之间的关系，属于肿瘤与脑肿瘤研究领域，主题标签为表观基因组学（Epigenomics）。从整体定位来看，它为研究者提供了一个围绕胶质母细胞瘤表观遗传特征、染色质状态及转录调控机制展开探索的数据资源，有助于支撑脑肿瘤分子分型及相关机制研究。该数据来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，用户可通过该记录集中获取与项目相关的多种数据类型链接。

【数据集背景】

该数据集对应的项目标题揭示了其核心科学问题：染色质景观如何揭示定义胶质母细胞瘤的发育编码转录状态。胶质母细胞瘤是脑肿瘤研究中的重要对象，而染色质状态与转录调控在肿瘤发生发展中的作用属于表观基因组学范畴。该 BioProject 记录作为一个生物数据的集合，来源于单一组织或联盟的单一研究计划，旨在为用户提供一个集中查找该项目所生成的不同数据类型链接的入口。其主题标签为 Epigenomics，表明数据与表观遗传学、染色质结构及基因表达调控密切相关。本站将其归类为肿瘤 / 脑肿瘤，进一步明确了其在肿瘤学研究中的位置。

【数据内容】

该数据集基于 ChIP-Seq 技术生成，围绕染色质景观与胶质母细胞瘤发育相关转录状态展开。ChIP-Seq 是一种用于研究蛋白质与 DNA 相互作用的技术，常用于分析染色质修饰、转录因子结合位点等表观遗传特征。该数据集的主题标签为 Epigenomics，说明其内容属于表观基因组学数据。关于具体样本数量、测序深度、覆盖的基因组区域、使用的抗体或目标蛋白等详细数据内容，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 记录本身是一个集合，汇集了与单一研究计划相关的生物数据，这些数据可能来自单一组织或联盟。该记录为用户提供查找该项目所生成的不同数据类型链接的单一入口。关于具体的采集方法、实验设计、样本处理流程、测序平台等采集细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究胶质母细胞瘤的表观遗传特征、染色质状态与转录调控关系，支撑脑肿瘤分子分型及相关机制探索。具体而言，基于 ChIP-Seq 技术产生的染色质景观数据，可用于分析胶质母细胞瘤中与发育相关的转录状态，探索染色质状态如何影响基因表达调控，并可能为脑肿瘤的分子分型提供表观遗传层面的依据。此外，该数据集也可用于表观基因组学研究中与染色质修饰、转录因子结合等相关的分析。关于更具体的适用场景或分析方向，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库中的该记录（ID 490592）访问该项目，并利用记录中提供的链接查找与项目相关的不同数据类型。该记录本身作为一个集中入口，帮助用户定位该项目生成的数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具或处理流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，属于公开的生物项目记录。关于数据质量评估、技术偏差、样本量限制、数据完整性或任何具体的质量指标，源站未提供。用户在使用时应参考源站记录中的相关说明和链接数据。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议或使用条款，源站未提供。用户在使用该数据集时，应查阅 NCBI BioProject 记录及相关数据链接中的引用和许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE119755

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA490592

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤是一种无法治愈的脑癌，其特征是高度的遗传和病理异质性。在此，我们通过绘制44个胶质母细胞瘤干细胞（GSC）模型、50个原发性胶质母细胞瘤和10个神经干细胞（NSC）的活性染色质景观，并结合基因表达、全外显子组、拷贝数谱和DNA甲基化组，旨在识别必需的超级增强子（SE）相关基因以及建立这些基因和胶质母细胞瘤身份的核心转录因子。胶质母细胞瘤分为两种主要的增强子谱，它们利用独特的发育转录因子调控程序来强化肿瘤身份。从组特异性增强子谱中，我们推断出定义亚组身份的核心转录因子。这些转录因子在胶质母细胞瘤中比在正常神经干细胞中表现出更高的活性，与不良临床结果相关，并且是胶质母细胞瘤体外和体内生长所必需的。鉴于胶质母细胞瘤基因定义靶向治疗的挑战，我们提出靶向潜在的转录身份可能是一种重要的治疗策略。

总体设计：数据集包含通过H3K27乙酰化ChIP-seq分析在胶质母细胞瘤原发组织和源自胶质母细胞瘤干细胞的染色质中测量的活跃染色质图谱。对于原发GBM样本，我们共有50个GBM样本，其中46个具有H3K27ac ChIP-seq数据，45个具有RNA-seq数据，39个具有甲基化数据（GBM74有重复数据）。对于胶质母细胞瘤干细胞样本，我们共有44个GSC样本，其中43个具有H3K27ac ChIP-seq数据，44个具有RNA-seq数据，41个具有甲基化数据。对于神经干细胞样本，我们共有10个NSC样本，其中9个具有H3K27ac ChIP-seq数据，9个具有RNA-seq数据，9个具有甲基化数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别