PRJNA482663：弥漫性星形细胞瘤进展的汇聚通路及白藜芦醇延缓高级别转化的潜在作用
我们组装了在II级和III级IDH1突变星形细胞瘤之间差异共表达的基因组范围基因调控网络（“模块”），以识别星形细胞瘤进展的驱动因素
基本信息
资源简介
PRJNA482663：弥漫性星形细胞瘤进展的汇聚通路及白藜芦醇延缓高级别转化的潜在作用
PRJNA482663 是一个聚焦于弥漫性星形细胞瘤进展机制及其潜在干预手段的肿瘤 / 脑肿瘤类数据集，来源站为 ebi.ac.uk。该数据集围绕 IDH1 突变型星形细胞瘤从 II 级向 III 级进展的过程展开，通过组装全基因组基因调控网络（即“模块”），识别在 II 级与 III 级 IDH1 突变星形细胞瘤之间差异共表达的模块，从而寻找驱动星形细胞瘤进展的关键因素。研究进一步将模块 M2 作为调控胶质瘤转化的候选模块，并探索天然多酚白藜芦醇在延缓高级别转化中的潜在作用。整体而言，该数据集为理解星形细胞瘤进展的分子机制、筛选关键调控因子以及评估潜在干预药物提供了系统层面的研究资源。
【数据集背景】
弥漫性星形细胞瘤是脑肿瘤中的重要类型，其从低级别向高级别转化是疾病进展的关键环节。IDH1 突变型星形细胞瘤的 II 级与 III 级之间存在显著的分子差异，但驱动这种进展的调控机制尚需系统解析。该数据集所对应的研究旨在通过全基因组基因调控网络分析，揭示 II 级和 III 级 IDH1 突变星形细胞瘤之间差异共表达的模块，从而识别星形细胞瘤进展的驱动因素。研究特别关注模块 M2，因为该模块富集了癌症易感基因，并且其在人类胶质瘤样本中的表达模式与临床进展及已知癌症基因的基因组畸变相关。这一背景为后续数据内容的组织提供了明确的问题导向。
【数据内容】
该数据集的核心内容是全基因组基因调控网络模块，这些模块在 II 级和 III 级 IDH1 突变星形细胞瘤之间呈现差异共表达。研究将模块 M2 优先列为调控胶质瘤转化的候选模块，依据包括：该模块富集癌症易感基因，其在人类胶质瘤样本中的表达模式与临床进展相关，并且与已知癌症基因的基因组畸变相关。在功能层面，M2 富集了与细胞周期调控相关的基因。通过全基因组反向工程方法，研究预测已知细胞周期调控因子 FoxM1、B-Myb 和 E2F2 是该模块的关键转录调控因子。此外，利用独立的药物诱导转录扰动数据，研究预测天然多酚白藜芦醇可下调多个相关靶点。上述内容构成了该数据集在分子模块、功能富集、转录调控因子预测及药物扰动预测等方面的主要数据内容。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。其研究材料涉及 II 级和 III 级 IDH1 突变星形细胞瘤，并整合了人类胶质瘤样本的表达数据、基因组畸变信息以及药物诱导转录扰动数据。研究通过组装全基因组基因调控网络模块，比较不同级别肿瘤之间的差异共表达模式。关于具体的样本数量、采集地点、采集时间、测序平台或实验批次等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于脑肿瘤特别是弥漫性星形细胞瘤进展机制的研究，可用于探索 IDH1 突变型星形细胞瘤从 II 级向 III 级转化的驱动因素。其模块化基因调控网络可用于识别与细胞周期调控、癌症易感性和临床进展相关的候选模块。模块 M2 及其预测的关键转录调控因子 FoxM1、B-Myb 和 E2F2 可作为后续功能验证和机制研究的切入点。此外，基于药物诱导转录扰动数据预测的白藜芦醇下调作用，可为延缓高级别转化的潜在药物干预研究提供线索。该数据集也可用于比较不同级别胶质瘤之间的共表达模式，或作为系统层面分析肿瘤进展的参考资源。
【使用方法】
该数据集的使用应围绕其全基因组基因调控网络模块展开。研究者可首先关注在 II 级和 III 级 IDH1 突变星形细胞瘤之间差异共表达的模块，并重点分析模块 M2 的基因组成、功能富集特征及其与临床进展和基因组畸变的关联。在此基础上，可利用反向工程预测结果，考察 FoxM1、B-Myb 和 E2F2 作为关键转录调控因子的潜在作用。对于药物干预方向，可结合药物诱导转录扰动数据，分析白藜芦醇对相关模块或靶点的下调效应。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具或代码流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于全基因组基因调控网络和差异共表达分析，结合了人类胶质瘤样本的表达模式、临床进展信息、基因组畸变数据以及药物诱导转录扰动数据，具有系统层面的研究价值。然而，关于样本量、数据完整性、测序深度、验证实验、统计阈值或重复性等质量指标，源站未提供。此外，模块 M2 的关键转录调控因子预测以及白藜芦醇的下调作用均属于计算预测结果，其生物学验证情况在源站描述中未明确说明。因此，在使用该数据集时，应注意其预测性结论的局限性，并结合后续实验验证。
【引用与许可】
该数据集的英文名称为 PRJNA482663: Systems-level analyses reveal a convergent pathway for progression of diffuse astrocytoma and potential role for resveratrol in delaying high-grade transformation，来源站为 ebi.ac.uk。关于具体的引用格式、作者列表、发表期刊、DOI 或数据许可条款，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA482663
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们构建了全基因组基因调控网络（“模块”），这些模块在II级和III级IDH1突变型星形细胞瘤之间差异共表达，以识别星形细胞瘤进展的驱动因素。我们优先将模块M2作为调节胶质瘤转化的候选模块，依据是该模块富集了癌症易感基因，并且在人类胶质瘤样本中的表达模式与临床进展及已知癌症基因的基因组畸变相关。M2在功能上富集了与细胞周期调控相关的基因，全基因组逆向工程方法预测已知的细胞周期调节因子FoxM1、B-Myb和E2F2为该模块的关键转录调节因子。利用独立的药物诱导转录扰动数据，我们预测天然存在的多酚白藜芦醇下调M2的多个节点。
白藜芦醇对M2的转录调节及其预测的生长抑制作用，已在体外使用低传代人原代星形细胞瘤细胞得到实验证实，包括在口服给药后可在人脑脊液中达到的纳摩尔浓度下。总体设计：将原代间变性星形细胞瘤细胞（TB98）用20μM、10nM和2nM白藜芦醇处理24小时
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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