PRJNA386443：非突变IDH1促进肿瘤生长及靶向治疗耐药

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA386443

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在急性髓系白血病、低级别胶质瘤和继发性胶质母细胞瘤（GBM）中，已发现两种编码异柠檬酸脱氢酶（IDH）的基因（IDH1和IDH2）存在致癌突变。我们的计算机模拟和湿实验分析表明，未突变的IDH1 mRNA和蛋白质在原发性GBM中通常过度表达。我们展示，通过遗传学和药理学手段失活IDH1可减缓GBM细胞生长，促进肿瘤细胞向更为分化的状态转变，增加对靶向治疗的凋亡反应，并延长携带患者来源异种移植（PDXs）的动物模型的生存期。在分子层面，IDH1活性降低导致α-酮戊二酸（αKG）和NADPH生成减少，同时伴随来自葡萄糖或乙酸的碳流进入脂质不足，还原型谷胱甘肽耗竭，活性氧（ROS）水平升高，以及组蛋白甲基化和分化标志物表达增强。这些发现提示，IDH1上调是GBM为支持大分子合成、侵袭性生长及治疗抵抗而采取的一种常见代谢适应。

总体设计：在2株患者来源的胶质瘤细胞系中，分别使用shScramble或2条独立的靶向IDH1的shRNA，检测H3K4me3组蛋白修饰。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。