儿童毛细胞型与弥漫性星形细胞瘤DNA甲基化分析
儿童低级别胶质瘤（LGGs）约占儿童所有脑肿瘤的三分之一。我们开展了DNA甲基化的详细研究，以增进对毛细胞型和弥漫性星形细胞瘤生物学的理解
基本信息
资源简介
儿童毛细胞型与弥漫性星形细胞瘤DNA甲基化分析
PRJNA309837 是一项针对儿童毛细胞型与弥漫性星形细胞瘤的 DNA 甲基化分析数据集，归类于肿瘤 / 脑肿瘤方向，来源为 ebi.ac.uk。儿童低级别胶质瘤（LGGs）约占儿童所有脑肿瘤的三分之一，该研究通过详细的 DNA 甲基化分析，旨在增进对毛细胞型和弥漫性星形细胞瘤生物学的理解。研究将肿瘤与来自匹配位置的正常脑对照进行比较，并在毛细胞型与弥漫性星形细胞瘤之间进行比较。结果显示，毛细胞型星形细胞瘤具有一个涉及 315 个 CpG 位点的独特特征，其中大多数位点（312 个 CpG 位点）在毛细胞型星形细胞瘤中呈低甲基化，且许多位点位于已注释的增强子内。该特征未见于弥漫性星形细胞瘤，也未见于已发表的其他脑肿瘤和正常脑组织图谱。
【数据集背景】
儿童低级别胶质瘤（LGGs）约占儿童所有脑肿瘤的三分之一。为增进对毛细胞型和弥漫性星形细胞瘤生物学的理解，研究开展了详细的 DNA 甲基化分析。该数据集英文名为 PRJNA309837: DNA methylation analysis of paediatric pilocytic and diffuse astrocytomas，本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤，来源站为 ebi.ac.uk。
【数据内容】
该数据集围绕儿童毛细胞型和弥漫性星形细胞瘤的 DNA 甲基化分析展开。研究比较了肿瘤与来自匹配位置的正常脑对照，并比较了毛细胞型与弥漫性星形细胞瘤。分析发现，毛细胞型星形细胞瘤具有一个涉及 315 个 CpG 位点的独特特征，其中大多数位点（312 个 CpG 位点）在毛细胞型星形细胞瘤中呈低甲基化。此外，许多位点位于已注释的增强子内。该独特特征未见于弥漫性星形细胞瘤，也未见于已发表的其他脑肿瘤和正常脑组织图谱。对 315 个 CpG 位点的进一步分析预测，AP-1 转录因子复合物可结合在 200bp 范围内。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。源站描述提及，研究对儿童毛细胞型和弥漫性星形细胞瘤进行了 DNA 甲基化分析，比较了肿瘤与来自匹配位置的正常脑对照，以及毛细胞型与弥漫性星形细胞瘤之间的差异。关于具体的样本采集方式、采集时间、采集地点、样本量等详细信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于儿童低级别胶质瘤（LGGs）中毛细胞型和弥漫性星形细胞瘤的 DNA 甲基化研究，可用于探索毛细胞型星形细胞瘤中涉及 315 个 CpG 位点的独特甲基化特征，尤其是其中 312 个低甲基化位点，以及这些位点与已注释增强子的关联。也可用于比较毛细胞型与弥漫性星形细胞瘤的甲基化差异，并参考 AP-1 转录因子复合物在 200bp 范围内结合的预测结果。关于其他具体适用场景，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法。该数据集来源于 ebi.ac.uk，用户可依据来源站的相关说明获取和使用数据。关于数据处理、分析流程、软件工具等操作细节，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 DNA 甲基化分析，研究结果描述了毛细胞型星形细胞瘤中涉及 315 个 CpG 位点的独特特征，其中 312 个位点低甲基化，许多位点位于已注释的增强子内。该特征未见于弥漫性星形细胞瘤，也未见于已发表的其他脑肿瘤和正常脑组织图谱。对 315 个 CpG 位点的进一步分析预测 AP-1 转录因子复合物可结合在 200bp 范围内。关于数据质量评估、技术限制、样本代表性等更多信息，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用与许可相关信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA309837
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
儿童低级别胶质瘤（LGGs）约占儿童所有脑肿瘤的三分之一。我们进行了一项详细的DNA甲基化研究，以增进对毛细胞型和弥漫性星形细胞瘤生物学的理解。研究对比了肿瘤与来自相同部位的正常脑组织对照，以及毛细胞型和弥漫性星形细胞瘤之间的差异。发现毛细胞型星形细胞瘤具有一个独特的特征，涉及315个CpG位点，其中大部分位点（312个CpG位点）在毛细胞型星形细胞瘤中呈低甲基化。此外，许多位点位于已注释的增强子区域内。毛细胞型星形细胞瘤中的这一独特特征在弥漫性星形细胞瘤或其他已发表的脑肿瘤及正常脑组织图谱中并未出现。进一步分析这315个CpG位点时，预测AP-1转录因子复合体能在其中一部分差异甲基化CpG位点附近200bp范围内结合。我们还观察到毛细胞型星形细胞瘤中AP-1因子FOS和FOSL1的上调表达。
我们的发现强调了毛细胞型星形细胞瘤与弥漫性星形细胞瘤之间新的表观遗传差异，此外还涉及已充分描述的BRAF、MYB和FGFR1的改变。总体设计：从冷冻肿瘤材料中提取的基因组DNA经亚硫酸氢盐转化后，使用Illumina Infinium HumanMethylation 450K芯片进行分析。预处理使用GenomeStudio完成。采用统计学方法识别17例毛细胞型星形细胞瘤、10例弥漫性星形细胞瘤与正常脑对照（1例胎儿脑、1例成人脑、1例胎儿小脑、1例胎儿额叶及ReN VM神经干细胞系）之间的差异甲基化模式。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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