PRJNA308648：ECT2和AURKB调节星形细胞瘤细胞中含多种细胞通路转录本的应激颗粒形成
应激颗粒是小型RNA-蛋白颗粒，在细胞应激期间改变翻译景观以促进存活。我们的数据表明，细胞分裂蛋白ECT2和AurkB定位于人星形细胞瘤细胞的应激颗粒中
基本信息
资源简介
PRJNA308648：ECT2和AURKB调节星形细胞瘤细胞中含多种细胞通路转录本的应激颗粒形成
PRJNA308648 数据集围绕人星形细胞瘤细胞中应激颗粒的形成机制展开，重点关注细胞分裂相关蛋白 ECT2 与 AurkB 在其中的定位与调控作用。应激颗粒是细胞在应激条件下形成的小型 RNA-蛋白颗粒，能够改变翻译景观以促进细胞存活。该数据集来源于 ebi.ac.uk，在分类上归属于肿瘤 / 脑肿瘤方向。其核心内容涉及 ECT2 和 AurkB 在星形细胞瘤细胞应激颗粒中的定位，以及 AurkB 受到化学抑制或 siRNA 抑制后应激颗粒数量与大小的变化，并通过 RNA 免疫沉淀分析了应激颗粒所携带的 mRNA 类型，覆盖细胞迁移、代谢、翻译和转录等多种细胞通路。
【数据集背景】
应激颗粒是细胞在应激状态下形成的小型 RNA-蛋白颗粒，其功能在于改变翻译景观，从而促进细胞存活。RhoGTPase RhoA 被认为参与 RNA 应激颗粒的形成。该数据集所对应的研究关注人星形细胞瘤细胞，探索细胞分裂相关蛋白 ECT2 和 AurkB 是否与应激颗粒存在关联。研究数据表明，ECT2 和 AurkB 定位于人星形细胞瘤细胞的应激颗粒中。此外，在亚砷酸盐诱导的应激条件下，AurkB 及其下游靶点组蛋白-3 发生磷酸化。这一背景将细胞分裂调控蛋白与应激颗粒生物学联系起来，为理解星形细胞瘤细胞在应激条件下的翻译调控和存活机制提供了切入点。
【数据内容】
该数据集的核心内容涉及 ECT2 和 AurkB 在应激颗粒中的定位，以及 AurkB 功能抑制对 Stress Granules 形成的影响。具体而言，使用化学抑制剂 AZD1152-HQPA 和 siRNA 抑制 AurkB 后，通过高通量荧光细胞组学分析发现，应激颗粒数量更少、体积更小。此外，研究对星形细胞瘤细胞进行了 RNA 免疫沉淀，所用应激颗粒聚集标志物为 TIAR 和 G3BP1。后续分析显示，星形细胞瘤应激颗粒携带独特的 mRNA，这些 mRNA 对应多种细胞通路，包括细胞迁移、代谢、翻译和转录。数据集英文名称中包含“ECT2 and AURKB Modulate Formation of Stress Granules Containing Transcripts from Diverse Cellular Pathways in Astrocytoma Cells”，概括了其研究主题。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤。源站描述提供了研究背景与实验发现，包括应激颗粒的功能、RhoA 的参与、ECT2 和 AurkB 的定位、AurkB 与组蛋白-3 在亚砷酸盐诱导应激下的磷酸化、化学与 siRNA 抑制实验、高通量荧光细胞组学分析，以及针对 TIAR 和 G3BP1 的 RNA 免疫沉淀分析。关于具体的样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、测序平台或具体实验操作流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与星形细胞瘤细胞应激颗粒形成机制相关的研究场景，尤其是关注 ECT2 和 AurkB 在应激颗粒中定位与调控作用的研究。由于数据涉及 AurkB 化学抑制和 siRNA 抑制后应激颗粒数量与大小的变化，可用于分析 AurkB 功能与应激颗粒形成之间的关系。RNA 免疫沉淀部分所揭示的独特 mRNA 涉及细胞迁移、代谢、翻译和转录等通路，因此也可用于探讨星形细胞瘤细胞在应激条件下翻译景观改变及存活促进机制的研究。该数据集归属于肿瘤 / 脑肿瘤方向，适合脑肿瘤相关基础研究使用。
【使用方法】
源站未提供具体的数据使用方式、文件格式、分析流程或访问下载说明。使用者需依据来源站 ebi.ac.uk 的公开指引获取和利用该数据集。关于如何复现化学抑制、siRNA 抑制、高通量荧光细胞组学分析或 RNA 免疫沉淀分析，源站未提供详细步骤。
【质量与限制】
该数据集基于源站描述所呈现的实验发现，涉及 ECT2 和 AurkB 在应激颗粒中的定位、AurkB 抑制后应激颗粒数量与大小的变化，以及应激颗粒所携带 mRNA 的通路多样性。关于数据质量指标、样本量、重复次数、统计效力、批次效应或验证程度，源站未提供。该数据集聚焦于人星形细胞瘤细胞，其结论是否适用于其他细胞类型或肿瘤类型，源站未提供。关于数据的完整性、覆盖范围或潜在偏差，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的具体引用格式、许可条款或使用限制。使用者应参考来源站 ebi.ac.uk 的相关说明进行引用和合规使用。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA308648
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
应激颗粒是小型RNA-蛋白颗粒，能在细胞应激期间改变翻译景观以促进生存。RhoGTP酶RhoA参与RNA应激颗粒的形成。我们的数据表明，在人类星形细胞瘤细胞中，胞质分裂蛋白ECT2和AurkB定位于应激颗粒。在亚砷酸盐诱导的应激过程中，AurkB及其下游靶标组蛋白-3发生磷酸化。通过高通量荧光基于细胞组学的检测分析，化学（AZD1152-HQPA）和siRNA抑制AurkB会导致应激颗粒数量减少且体积变小。对星形细胞瘤细胞进行了已知应激颗粒聚集体TIAR和G3BP1的RNA免疫沉淀，后续分析显示，星形细胞瘤应激颗粒含有涉及多种细胞通路的独特mRNA，包括细胞迁移、代谢、翻译和转录调控。人类星形细胞瘤细胞应激颗粒包含已知参与胶质瘤信号传导和mTOR通路的mRNA。
这些数据证明，RNA应激颗粒是星形细胞瘤细胞中一种新型的表观遗传调控形式，可能成为化学抑制剂的靶点，并增强星形细胞瘤对放疗和化疗等常规治疗的敏感性。总体设计：星形细胞瘤细胞要么未经处理，要么用亚砷酸盐处理以诱导应激颗粒形成，并通过外显子阵列分析对RNA免疫沉淀物进行分析。分别富集于TIAR RIPs和G3BP1 RIPS中的RNA种类与未处理细胞的TIAR和G3BP1 RIPs及输入对照进行比较。对来自TIAR和G3BP1 RIPs的应激颗粒富集mRNA进行了Ingenuity通路分析，以识别显著的功能生物学网络。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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