PRJNA305700：小分子调控染色质可及性促进NEUROG2介导的成纤维细胞向神经元重编程 [ChIP-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA305700

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

促神经转录因子和小分子可诱导成纤维细胞转分化为功能性神经元；然而，详细描述催化这一转化的即早期事件的分子机制尚未明确。我们此前证明，NEUROG2、毛喉素（F）和多索吗啡（D）可高效诱导功能性神经元。在此，我们利用该模型来界定启动神经元身份获得的遗传和表观遗传事件。我们证明，NEUROG2是一种先锋因子，FD增强全基因组NEUROG2染色质占据和H3K27乙酰化，这些因子的协同转录对于成功重编程至关重要。由FD激活的CREB1促进神经元存活，并与NEUROG2协同上调SOX4，后者共激活NEUROD1和NEUROD4。除这一层级功能外，SOX4靶向SWI/SNF亚基，SOX4敲低导致开放染色质广泛丢失并消除重编程。应用这些见解，使用SOX4、SMARCA4和染色质修饰化学品改善了成人人胶质母细胞瘤和皮肤成纤维细胞的重编程。

总体设计：组蛋白3赖氨酸27乙酰化（3个输入数据集，6个免疫沉淀数据集）、组蛋白3赖氨酸27甲基化（3个输入数据集，6个免疫沉淀数据集）、NEUROG2（6个输入数据集，12个免疫沉淀数据集）和SOX4（1个输入数据集，3个免疫沉淀数据集）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。