PRJNA295990：毛细胞型星形细胞瘤转录谱
毛细胞型星形细胞瘤是儿童人群中最常见的脑肿瘤类型，通常与良好预后相关，尽管有时也观察到复发或播散。对于起源于幕上或幕下的肿瘤，曾提示存在不同的分子背景，但转录谱与影像学特征和/或临床病程之间可能的关联仍未明确
基本信息
资源简介
PRJNA295990：毛细胞型星形细胞瘤转录谱
毛细胞型星形细胞瘤是儿童人群中最常见的脑肿瘤类型，通常与良好预后相关，尽管有时也观察到复发或播散。对于起源于幕上或幕下的肿瘤，曾提示存在不同的分子背景，但转录谱与影像学特征和/或临床病程之间可能的关联仍未明确。PRJNA295990 数据集以“Transcriptional profiles of pilocytic astrocytoma”为主题，聚焦该肿瘤的转录谱特征，旨在识别与该肿瘤最常见发生部位、基于不同影像学特征的亚型以及疾病临床模式相关的基因表达谱。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 脑肿瘤，来源站为 ebi.ac.uk，可为研究毛细胞型星形细胞瘤的分子分型与临床、影像特征之间关系提供转录层面的数据基础。
【数据集背景】
毛细胞型星形细胞瘤是儿童人群中最常见的脑肿瘤类型，通常与良好预后相关，但复发或播散有时也会被观察到。对于起源于幕上或幕下的肿瘤，既往研究提示可能存在不同的分子背景，然而转录谱与影像学特征和/或临床病程之间可能的关联仍未明确。该数据集所对应的研究目的，正是识别与这一肿瘤最常见发生部位、基于不同影像学特征划分的亚型以及疾病临床模式相关的基因表达谱，从而为理解其分子背景与临床、影像表现之间的关系提供依据。
【数据内容】
该数据集的主题为毛细胞型星形细胞瘤的转录谱。根据 MRI 上呈现的影像学特征，所有病例被划分为四种亚型：实性或主要为实性、囊性伴囊壁强化、囊性伴囊壁无强化，以及实性伴中心坏死。数据集围绕这些亚型以及肿瘤发生部位和临床模式，开展基因表达谱层面的分析。源站描述提到，生物信息学分析显示……（源站描述在此处截断，后续具体分析结果未提供）。除上述信息外，数据集所包含的具体样本数量、基因数量、表达矩阵形式、临床变量字段等，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，数据集英文名称为 PRJNA295990: Transcriptional profiles of pilocytic astrocytoma。其分类归属于肿瘤 / 脑肿瘤。关于样本采集的具体机构、采集时间、采集地点、伦理审批信息、测序平台、建库方法等，源站未提供。
【适用场景】
基于现有信息，该数据集适用于围绕毛细胞型星形细胞瘤转录谱的研究场景，例如探索与肿瘤发生部位（幕上或幕下）相关的基因表达差异，分析与 MRI 影像学特征对应的四种亚型（实性或主要为实性、囊性伴囊壁强化、囊性伴囊壁无强化、实性伴中心坏死）之间的转录谱区别，以及考察转录谱与临床病程或临床模式之间可能存在的关联。它也可用于儿童脑肿瘤分子分型相关的方法学探索。但具体适用的分析类型、可支持的统计比较等，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、文件格式、预处理流程、分析工具或代码等均未说明。
【质量与限制】
源站描述指出，毛细胞型星形细胞瘤通常与良好预后相关，但复发或播散有时也会被观察到；幕上或幕下起源的肿瘤曾提示存在不同分子背景，而转录谱与影像学特征和/或临床病程之间的关联仍未明确。这些背景信息提示该数据集所涉及的问题本身具有复杂性。关于该数据集的数据质量、样本量、批次效应、缺失情况、验证程度等具体限制，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA295990
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
毛细胞型星形细胞瘤是儿童人群中最常见的脑肿瘤类型，通常与良好的预后相关，尽管有时也会观察到复发或播散。对于起源于幕上或幕下的肿瘤，曾提出不同的分子背景，但转录谱与影像学特征和/或临床病程之间可能的关联仍未明确。本研究的目的是识别与该肿瘤最常见部位、基于各种影像学特征和疾病临床模式的亚型相关的基因表达谱。根据MRI上呈现的影像学特征，所有病例被分为四个亚型：实性或主要为实性、囊性伴强化的囊壁、囊性伴非强化的囊壁，以及实性伴中心坏死。生物信息学分析显示，毛细胞型星形细胞瘤的基因表达谱高度依赖于肿瘤部位。最显著的差异见于IRX2、PAX3、CXCL14、LHX2、SIX6、CNTN1和SIX1基因的表达，这些基因甚至能够区分幕上区域内不同部位的毛细胞型星形细胞瘤。
对与影像学特征潜在相关基因的分析显示，转录组差异要弱得多。单个基因显示出与进展趋势的关联。在此，我们展示三个不同位置的毛细胞型星形细胞瘤可以根据基因表达水平精确区分，但它们的转录谱并未强烈反映肿瘤的影像学表现或疾病进程。总体设计：对47例具有不同定位、影像学和进展特征的毛细胞型星形细胞瘤进行了基因表达谱分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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