毛细胞型星形细胞瘤与正常小脑的DNA甲基化数据
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是儿科患者中最常见的脑肿瘤，可导致显著的发病率，包括慢性神经功能缺陷。其特征是丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）通路的激活改变，但对其发展过程知之甚少
基本信息
资源简介
毛细胞型星形细胞瘤与正常小脑的DNA甲基化数据
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是儿科患者中最常见的脑肿瘤，可导致显著的发病率，包括慢性神经功能缺陷。这类肿瘤的特征是丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）通路的激活改变，但对其发展过程知之甚少。为绘制这类肿瘤的全局DNA甲基化图谱，研究者利用Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChips对61例PA样本和6例正常小脑样本进行了分析。该数据集收录了这批毛细胞型星形细胞瘤肿瘤样本与正常小脑对照的DNA甲基化数据，属于肿瘤/脑肿瘤范畴，来源于ebi.ac.uk。
【数据集背景】
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是儿科患者中最常见的脑肿瘤，可造成显著的发病率，包括慢性神经功能缺陷。已知这类肿瘤以丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）通路的激活改变为特征，但除此之外，关于其发生发展的认识仍然有限。为了更全面地理解这类肿瘤的生物学特征，研究者着眼于全局DNA甲基化谱的刻画，希望通过甲基化层面的分型与差异分析，揭示肿瘤内部可能存在的亚群结构及其与临床、解剖位置和基因表达之间的联系。
【数据内容】
该数据集的核心内容是毛细胞型星形细胞瘤肿瘤样本与正常小脑对照样本的DNA甲基化数据。研究共分析了61例PA样本和6例正常小脑样本，使用的检测平台为Illumina的Infinium HumanMethylation450 BeadChips。基于这些数据，研究揭示了PA存在两个亚组，这两个亚组按照肿瘤位置（幕下与幕上）区分。研究还识别出在两个亚组之间差异甲基化的关键神经发育基因。此外，将甲基化数据与转录组微阵列数据整合后，发现了显著的表达差异，并且这些差异与甲基化之间呈现出意想不到的强正相关。
【采集与来源】
该数据集的来源站为ebi.ac.uk。样本包括61例毛细胞型星形细胞瘤肿瘤样本和6例正常小脑对照样本。检测平台为Illumina的Infinium HumanMethylation450 BeadChips。关于样本采集的具体时间、地点、机构、伦理审批信息以及样本处理流程的更多细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究毛细胞型星形细胞瘤的DNA甲基化特征，包括肿瘤亚组的识别与分型、按肿瘤位置（幕下与幕上）进行的比较分析、差异甲基化基因的挖掘，以及甲基化与转录组表达数据之间的整合分析。由于包含正常小脑对照样本，该数据集也可用于肿瘤样本与正常小脑组织之间的甲基化差异比较。此外，对于关注神经发育基因在PA中甲基化变化的研究，该数据集具有潜在价值。
【使用方法】
该数据集基于Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChips平台产生，使用时可结合对应的甲基化芯片数据处理流程进行分析。研究者可将61例PA样本与6例正常小脑样本的甲基化谱进行比较，也可按肿瘤位置将PA样本分为幕下与幕上两组进行亚组分析。若需开展甲基化与表达的整合研究，可将该甲基化数据与转录组微阵列数据进行联合分析。关于数据的具体下载方式、文件格式、预处理步骤和配套分析工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集包含61例PA样本和6例正常小脑样本，对照样本数量相对有限。研究基于Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChips平台，其覆盖范围受该芯片设计所限。数据揭示了按肿瘤位置划分的两个PA亚组以及差异甲基化的神经发育基因，并与转录组数据整合发现表达差异与甲基化之间存在强正相关。关于样本的临床随访信息、批次效应、数据质控指标以及验证队列情况，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为ebi.ac.uk。关于具体的引用文献、作者列表、发表期刊以及数据使用许可条款，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA190897
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
毛细胞型星形细胞瘤（PA）是儿科患者中最常见的脑肿瘤，可导致显著发病率，包括慢性神经功能缺陷。其特征是丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）通路的激活改变，但对其发生发展的其他方面知之甚少。为了绘制这些肿瘤的全基因组DNA甲基化图谱，我们使用Illumina的Infinium HumanMethylation450 BeadChips分析了61例PA和6例正常小脑样本。这些数据揭示了PA的两个亚组，它们根据肿瘤位置（幕下与幕上）分开，并确定了在两组之间差异甲基化的关键神经发育基因。与转录组微阵列数据的整合突出了显著的表达差异，这些差异出乎意料地与甲基化和表达之间的强正相关相关。差异甲基化探针通常在基因体内和/或基因上游或下游区域被识别，而不是在转录起始位点。
我们还鉴定出小脑毛细胞星形细胞瘤与正常小脑之间存在大量差异甲基化基因，其中包括额外的发育相关基因。总体设计：来自61例毛细胞星形细胞瘤肿瘤（新鲜冷冻）和6例正常小脑（商业来源）的亚硫酸氢盐转化DNA与Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChips杂交。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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