PRJNA162653：小鼠高级别星形细胞瘤细胞（GL261）经神经干/前体细胞条件培养基或非条件培养基处理

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA162653

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

高组织病理学级别的原发性星形细胞瘤（HG-星形细胞瘤）主要局限于老年患者，且尽管采用多模式治疗，几乎无一例外均致命。本研究表明，年轻大脑对HG-星形细胞瘤具有内源性防御机制。神经前体细胞（NPCs）迁移至HG-星形细胞瘤处，通过释放一组对香草素受体（瞬时受体电位香草酸亚家族成员1，TRPV1）具有激动活性的脂肪酸乙醇酰胺，减少胶质瘤扩展并延长生存期。HG-星形细胞瘤中TRPV1的表达远高于无肿瘤脑组织，且TRPV1刺激通过激活转录因子-3（ATF3）调控的内质网应激通路分支触发肿瘤细胞死亡。NPCs的抗肿瘤反应随衰老而丧失。通过系统性给予合成香草素Arvanil，可在老年大脑中模拟NPC介导的肿瘤抑制效果，表明TRPV1激动剂有望成为新的HG-星形细胞瘤治疗药物。

总体设计：本微阵列研究旨在了解神经干/前体细胞（NPC）诱导的高级别星形细胞瘤细胞死亡如何受基因表达变化的调控。我们通过微阵列研究了小鼠高级别星形细胞瘤GL261细胞在与NPC非条件培养基（对照）或NPC条件培养基孵育后的基因表达模式，发现与对照组相比，经NPC条件培养基处理的小鼠高级别星形细胞瘤细胞中，内质网应激基因如激活转录因子-3（ATF3）显著上调。在三次染料交换实验（共使用6张芯片）中比较了两个实验组（条件培养基处理组与未条件培养基处理组）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。